Topos40分析拓扑简单流程ZIF8为例.doc

Topos4.0分析拓扑简单流程---ZIF-8为例 打开topos4.0软件，在database里，点击“import”出现下面对话框，找到zif-8.cif文件， 点击 “打开”出现下面对话框： “文件名”输入任意名字（如zif-8），“打开”，出现确认对话框， 点击“yes”， 用户代码 输入“1”，点击“OK”， 文件导入完成，可以进行分析。 首先，运行“IsoCryst”，点击图标， 出现新的界面， 点击“Draw structure”， 为便于分析金属zn原子的配位情况，可以左键点击任一个金属Zn原子，此时，选中的金属原子为黄色，工具栏中的“show selection only” 按钮也由灰色（不可选）变为黄色高亮显示， ，点击， 只有该金属原子显示在图中。图中任意空白处点击右键，取消选择，金属原子颜色恢复， 点击“growing structure” 按钮，即显示与该金属原子配位的所有原子（该示例中均为N原子），Zn为4-配位，4-连接节点。 继续点击，3D结构显示。 同样地，每个咪唑配体为2-连接节点。ZIF-8为高对称性结构，每个金属原子均为4-配位，4-连接节点，每个咪唑为桥连配体，2-连接节点。因此，上面的检查已经结束，可以进下一步。 第二步，运行auto CN，点击图标，出现对话框 点击option选项，点击matrix 默认选择的“Spec.Cont.”和“vdW Cont”这2项不要，把前面的勾点掉，不选，然后OK。 点击 run。 第三步，run ADS。点击图标，出现 点击run， “yes”, 输入“1” 按下ctrl键，同时左键点击Zn原子，，Zn原子被选中，高亮显示。点击“OK”，即可进行拓扑结果分析。 结果查看：点击program，每一步的运行结果均在其中，选则ADS的结果 或者，在存放文件夹下，找到.ado文件可直接打开查看结果。 到此，整个流程结束，对于简单结构，基本全部选择默认的（default）选项即可完成。 需要注意一下，autoCN中，我们取消了“Spec.Cont.”和“vdW Cont”这2项，他们对应的分别是特殊相互作用和范德华相互作用（即弱的相互作用），在对一些氢键网络分析拓扑时需要用到。而且，这种情况下，没办法画出最后的拓扑图，我们没有生成拓扑文件。需要用topos作图的话，可以进行如下操作： ADS中，点击option选项，选中“save simplified net”，???击OK。然后重复上面的操作。