第四章 分子进化.pptVIP

第三部分的总结;第四部分 中性演化论;一. 自然界中的基因突变; 在自然界中基因会不会突变？其程度如何？ Dobzhansky 的果蝇实验 从野外捉一批表型正常的果蝇 不断进行近亲交配 33%的染色体上有致死、或半致死的隐性基因 93%的染色体上有导致发育迟缓等不利的隐性基因 如何产生的？;二. 基因突变的基础 1953年：Watson Crick DNA双螺旋结构（double helix）找到了突变的“根”;;;三. 中性理论的提出 Motoo Kimura （1924 – 1994）;;2. 解释： 存在很多选择上中性的等位基因，它们的频率由突变率和遗传漂移（genetic drift)而定。 1968年 Kimura 提出了“中性理论” （neutral mutation – random drift） 蛋白质的多态性是由选择上中性或接近中性的等位基因被遗传漂变随机固定的。 固定(fixation): 种群中同一代的所有个体共享一种突变的等位基因。 中性的等位基因被固定的概率为该基因的频率 ;s;每代??进化速率（从被固定的突变体的角度）： k = 2Nvu v：每代、每个配子的突变速率 N: population 中的个体数 每代 Population 中新的突变 = 2Nv u：单个突变在 Population 中被固定的概率 每代被固定在 Population 中的中性突变的概率= 1/2N 因此，当s等于或趋于零，即中性选择时， k =（2Nv)(1/2N）= v，与 Population 大小无关 当|s|不是等于或趋于零时，k = 4 Nesv，与有效 Population 大小有关; NOTE： 影响Ne的因素： 性别的比率 性别种类少的个体对下一代的基因频率贡献大 在性别比例失调的情况下 Ne= 4NmNf /（Nm+Nf） Nm: 雄性个体数, Nf: 雌性个体数 ;;麋鹿 （Elaphurus davidianus ） —— “四不象”;;四. 与木村同时代的中性理论进化学家 1969年，King Jukes: Non-Darwinian Evolution 当时对codon的预言： 第三位变化更快 （King，Jukes）;木村中性理论的主要内容： 中性突变，随机选择（固定） 承认负选择（negative selection) 反对正选择（positive selection） 强调功能约束（functional constrain）; 功能的约束造成不同的基因突变速率不一样 功能重要的部分变化会影响其功能，大多数的变化均受负选择的作用 功能不很重要的部分变化多，不影响功能，被随机保留 NOTE: 其观点后来略有改变 20世纪80年代，承认正选择，只不过认为其比例较小;六. 分子进化的主要研究内容 经典进化与分子进化研究的比较： （1）经典进化主要以形态特征为主： 颜色 高矮 长短 大小 等等;（2）分子进化的特征：;2. 分子进化的一些术语： 一致性（identity） 指两个或两个以上的序列中组成完全相同的部分;DNA序列的比对;氨基酸的比对;NOTE: 若两个基因 或蛋白质的序列一致性或相似性很高 DNA的一致性为60％以上 氨基酸的一致性为30％以上 它们具有相同或相似的生物学功能 它们是同源的 对氨基酸序列而言，每个位点可以是20种选择，若2个序列中有10个氨基酸的序列完全相同，随机的概率为1/2010，即约等于10-13。 ;a2’, a4’, a5’;;序列一：CHSACKSCACTYSIPAKCFCTDIND-FCYEPC 序列二：CHSACKSCACTFSIPAECFCGDIDDGFCYKPC;序列1：6 个氨基酸 序列2：6 个氨基酸 n＝6;每个位点的氨基酸平均替代率 (substitute rate)： k aa = Kaa / (2T);例子:血红蛋白?、?链，在鲨鱼和高等脊椎动物中为异源四聚体;;?链的进化：;;?链 以灵长类为例： 人 vs 树鼩(tree shrew)： naa = 146，daa = 26，pd = 26/146 = 0.178 Kaa = 0.196 ;?链：（灵长类）;;;;;;;daa;“From the point of view of hemoglobin structure, it appears that gorilla is just an abnormal human, or man an abnormal gorilla, and the two species form actually one continuous p