蛋白质结构预测与分子设计.docVIP

第十五章 蛋白质结构预测与分子设计 蛋白质是生命活动的主要承担者，一切生命活动无不与蛋白质密切相关。蛋白质所具有的生物学功能在很大程度上取决于蛋白质分子的空间结构。一般说来，蛋白质分子的生物学功能是其天然构象所具有的属性或所表现出来的性质。蛋白质的功能与其空间结构密切相关，研究蛋白质分子的空间结构是深入了解蛋白质行使生物学功能的先决条件，因此研究蛋白质分子的空间结构和生物学功能的关系在分子生物学中占据突出的地位。 人们很早就开始了对蛋白质结构的研究工作，到现在已有很多蛋白质的结构得到解析，也发展了很多测定蛋白质结构的方法。目前能够测定蛋白质分子整体三维结构的实验方法主要有三种：X-射线单晶衍射（晶体结构分析方法），二维及多维核磁共振方法和电子晶体学与电镜三维重构。三种实验方法都有自己的优点，但也都存在一定的缺陷。X-射线单晶衍射是目前测定蛋白质结构精度最高的方法，现已测定的大多数是由该方法测定，但它最大的缺点是要测定的蛋白质必须能够形成单晶，而许多蛋白质不能结晶，这就限制了测定的范围。核磁共振方法虽然不须培养蛋白质晶体，但对于测定较大的蛋白质分子的结构还无能为力。电镜三维重构需要培养二维晶体，目前测定的结构的分辨率还不够高，还没有成为测定蛋白质结构的常规方法。 随着结构生物学的各种手段和其它相关技术的发展，目前蛋白质空间结构的测定速度越来越快。但是蛋白质空间结构的测定速度还远远赶不上蛋白质序列增长的速度，并且随着基因组测序的进行，二者差距有越来越大的趋势。截止2004年3月，已知序列的蛋白质已超过100万，而已知结构的蛋白质仅有2万多。因此一种不需要进行实验的方法---蛋白质结构预测成为了目前了解蛋白质结构信息的一个非常有效的实际手段。随着基因组和蛋白质组计划的研究进展，大量的具有特殊功能的蛋白质将被发现，对蛋白质空间结构预测的要求也越来越迫切。 70年代Anfinsen就提出蛋白质分子的一级序列决定其空间结构的论断，这一论断得到多次实验证实并被人们广泛接收，成为蛋白质结构预测的理论基础。由于近年???结构生物学的发展，解析的蛋白质结构越来越多，这就为研究和总结蛋白质结构的规律提供了基础，另一方面也为蛋白质的结构预测提供了参考。 蛋白质结构预测还有重大的理论意义。寻找蛋白质折叠（即蛋白质序列如何决定蛋白质的高级结构）的规律一直是人们梦寐以求的目标。 15.1、蛋白质二维结构的预测 蛋白质的二级结构是指多肽链中沿一个方向排列成具有周期性结构的构象，它是蛋白质多肽主链中有规则的重复构象。蛋白质二级结构是蛋白质分子中重要的组成“部件”，是研究蛋白质氨基酸序列和三级结构之间的桥梁。蛋白质二级结构的预测对于蛋白质三维结构的预测具有十分重要的意义。 蛋白质的二级结构主要有?螺旋、?折叠和?转角三种基本类型。通过对已知结构的蛋白质的结构特征进行研究，人们发现不同的氨基酸并不是平均地分布在各种二级结构类型中，也就是说不同的氨基酸形成不同的二级结构类型的倾向性不同。根据这个规律科学家们可以由氨基酸序列来预测蛋白质的二级结构。 早在60年代中后期，科学家们开始了蛋白质二级结构预测方面的研究，到目前已发展了几十种方法。这些方法大致上可分为三大类：第一类是统计学方法；第二类是基于立体化学原则的物理化学方法；第三类是神经网络和人工智能方法等。 15.1.1、Chou-Fasman方法 Chou-Fasman方法是统计学方法的典型代表。Chou-Fasman对已知结构的蛋白质进行了统计处理，计算出20种氨基酸出现在?螺旋、?折叠和卷曲三种构象中的分布情况，然后得到每一种氨基酸在这些二级结构构象中的构象参数。Chou-Fasman方法中的构象参数主要有： P? 氨基酸残基形成?螺旋的倾向性因子。 P?氨基酸残基形成折叠股的倾向性因子。 Pt氨基酸残基形成卷曲结构的倾向性因子。 氨基酸的构象参数值反映了氨基酸出现某种二级结构中可能性的大小。根据统计的规律，Chou-Fasman提出了一些二级结构成核、延伸和终止的规则。根据这些规则可以预测已知序列的多肽链的二级结构。 螺旋规则：在一个片段中，只要相邻6个残基中的4个倾向形成?螺旋，这个片段就可形成?螺旋核。PRO, ASP, GLU只能出现在螺旋N端的前三位，HIS, LYS, ARG只能出现在螺旋C端的后三位。螺旋核形成后可以向多肽链的两端延伸，直到碰到四肽中断者。整段螺旋的P?必须大于1.03和P?，螺旋形成者的数目必须超过一半，螺旋中断者的数目必须小于三分之一。整个螺旋区的长度不小于6个残基。 折叠规则：在一个片段中，只要相邻5个残基中的3个倾向形成折叠，这个片段就可形成折叠核。折叠核形成后可以向多肽链的两端延伸，直到碰到四肽中断者。折叠片段的P?必须大于1.05和P?，折叠形成者的数目必须超过一半