生物信息学复习提纲解.pdf

生物信息学 重要概念 1、生物信息学的定义、研究内容、组成 定义： 生命科学与数学、计算机科学、信息科学交叉融合的新兴学科。 OR 用计算机储存、比较、提取、分析、预言、模拟生物分子的组成与结构。 研究内容： ① 基础研究： 数学：模型、算法 IT： 数据库、计算机软硬件开发 ② 应用 服务生命科学研究：序列分析 组成：生命科学、数学、计算机科学、信息科学 2、推动生物信息学快速发展的学科 核心与灵魂：生命科学 基本工具：数学与计算机技术 3、“组”学的主要创新点对生命科学发展的作用与意义 所谓组学，即从一个整体的角度来研究。相对于传统生命科学零碎敲打的研究手段，研 究单个的基因或蛋白的功能、结构，而组学则是着眼于大局，将单个的基因、蛋白以“组” 的水平进行研究，从而对于生命科学能够有一个大局的把握。 4、生物信息学对生命科学发展的作用与意义 作用： ① 从学科角度方面：生命科学进入了新的发展时期；研究体系的突破——局 部到整体；学科性质——经验型、资料积累到总结规律 ② 从研究人员角度：提高研究效率，深化研究成果、显著提升研究工作的意 义与价值 意义： 极大提高科研的效率、质量，促进生命科学实现跨越式的发展 5、世界上最权威的四大生物数据平台 美国人工蛋白质数据库、GenBank 数据库、欧洲分子生物学实验室（EMBL）、日本核 酸序列数据库（DDBJ） 6、检索工具法 直接利用检索工具检索文献信息的方法，又分为顺查法、倒查法、抽查法 7、追溯法 利用已知的文献末尾所列的参考文献为线索，进行逐一地追溯查找引文的一种最简便的 扩大信息来源的方法 8、分段法 先利用检索工具进行常规检索，再利用文献后附参考文献进行追溯检索，分期分段地交 替使用这两种方法 9、文献检索的主要途径 分类途径、主题途径、著者途径和其他途径（各种号码索引、专用符号代码索引、专用 名词术语索引） 10、BLAST 的中英文全名 Basic local alignment search tools = 局部序列比对基本检索工具 11、比对 排列两个或以上的序列，使其最大化利于分析序列的同源性和相似性等 12、局部比对与整体比对在打分矩阵方面的主要区别、用途 全局比对：空位罚分对空位出现的位置不加区别 进化分析、蛋白质三维结构或折叠方式 准全局比对：避免对序列一端或两端出现的空位进行罚分 在较长序列中搜索较短序列 局部比对：对空位的位置加以区分，小于零时归零，回溯重建比对，直到遇上零为止 搜索序列中短的保守片段（高灵敏度地发现短的保守序列） 13、相似性与同源性 同源性：定性描述 同源序列指由共同祖先基因或序列经趋异进化而形成的多个基因或序列 相似性：定量描述 通过序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同 DNA 碱基或氨基酸残基序 列所占比例的高低 14、序列比对的主要应用 ① 数据库搜索——最常见用途 通过对海量序列数据库的搜索，找出与提交序列相似的序列 ② 多序列比对——进化树构建 发现特定基因家族的保守区段：同源克隆基因，利用 RNAi 沉默目标基因、基因功 能结构域分析 分子系统发生分析 15、BLASTN、BLASTP、BLASTX、tBLASTN、tBLASTP？ 程序 数据库 查询 BLASTN 核酸 核酸 BLASTP 蛋白 蛋白 BLASTX 蛋白 核酸-蛋白 tBLASTN 核酸-蛋白 蛋白 tBLASTX