凡纳滨对虾论文凡纳滨对虾AMYCTSL基因SNPs及其与生长性状的关联分析.doc

凡纳滨对虾论文：凡纳滨对虾AMY、CTSL基因SNPs及其与生长性状的关联分析 【中文摘要】本研究以海南南疆生物技术有限公司对虾繁育中心凡纳滨对虾繁育群体的379尾个体为研究对象,采用PCR-RFLP/PCR-SSCP标记技术结合DNA测序方法对研究凡纳滨对虾群体的AMY基因和CTSL基因的遗传多态性进行了分析,同时与生长性状进行相关性分析,以检测对凡纳滨对虾生长发育具有影响作用的分子遗传标记,旨在为凡纳滨对虾高效选育提供遗传学依据。1.凡纳滨对虾AMY基因多态性分析对凡纳滨对虾AMY基因的8个基因座A2-A9进行检测,分别包含了外显子2-9区域,在A2、A3、A7、A8和A9这5个基因座中未发现多态性,在A4、A5和A6基因座上发现了多态性,PCR-SSCP/PCR-RFLP检测结果分别出现了3种带型。对A4、A5和A6基因座不同带型的PCR扩增产物进行测序,共发现4个SNP位点,分别为:第4外显子109bp处T→C的突变、第4内含子46bp处T→C的突变、第5外显子123bp处C→T的突变和第6外显子81bp处C→T的突变,其中A4基因座的2处突变表现为连锁突变,4处突变均未引起氨基酸的改变,表现为沉默突变。对AMY基因多态位点遗传结构分析,结果A4、A5和A6基因座有效等位基因Ne、杂合度He及多态信息含量PIC分别为:1.632/1.991/1.784、0.387/0.498/0.439和0.387/0.374/0.343,3个多态位点在该凡纳滨对虾群体上均处于中度多态,说明AMY基因的A4、A5和A6这3个基因座多态性比较丰富,可供选择潜力较大。2. AMY基因多态性与凡纳滨对虾生长性状的关联分析利用最小二乘法对AMY基因A4基因座不同基因型之间的生长性状进行均值差异显著性检验,结果发现:A4基因座不同基因型对其生长性状具有显著影响,在体长、头胸甲宽、第一腹节长及尾节长4个指标上,TT和CC基因型显著高于杂合基因型CT (P0.05);在体重和头胸甲长2个指标上,CC、TT和CT 3种基因型之间差异均达到了显著水平(P0.05)。A5基因座:在体重指标上,CC、CT和TT3种基因型之间差异均达到了显著水平(P0.05);在其它5个指标上,CC与CT基因型之间差异不显著,但与TT基因型之间的差异达到了显著水平(P0.05)。A6基因座:在体重、头胸甲长和头胸甲宽3个指标上,AA基因型与AB基因型之间差异显著(P0.05);在体长、第一腹??长和尾节长3个指标上,AA、BB基因型与AB基因型之间差异达到了显著水平(P0.05)。3.凡纳滨对虾CTSL基因多态性分析对CTSL基因的5个基因座C2-C6进行检测,包含了外显子2-6及部分内含子区域,在C6基因座中发现有多态性,在其它基因座中未发现多态性,PCR-SSCP检测结果出现了3种带型,分别为CC、CT和TT。对C6基因座不同带型的PCR扩增产物进行测序,发现在CTSL基因第6外显子的92bp处存在1个C→T的碱基突变,该处碱基的改变未引起氨基酸的变化,表现为沉默突变。CTSL基因多态位点遗传结构分析,结果C6基因座有效等位基因Ne、杂合度He及多态信息含量PIC分别为:1.726、0.421和0.332,C6基因座多态位点在该凡纳滨对虾群体上均处于中度多态。4. CTSL基因多态性与凡纳滨对虾生长性状的关联分析CTSL基因C6基因座多态性与生长性状进行相关性分析,C6基因座不同基因型对凡纳滨对虾的生长发育具有影响,总体来说三种基因型在各生长指标上按优劣程度依次排列为CC、CT和TT。在体重、体长、第一腹节长和尾节长4个指标上,CC、CT基因型显著高于TT突变基因型(P0.05);在头胸甲长和头胸甲宽2个指标上,CC基因型显著高与CT和TT基因型(P0.05)。总之,AMY和CTSL基因多态性对凡纳滨对虾生长具有一定的影响,可以作为分子标记为凡纳滨对虾育种提供一定的参考价值。 【英文摘要】Genetic variations of AMY and CTSL genes were detected by PCR-SSCP/PCR-RFLP and DNA sequencing techniques in 379 Litopenaeus vannamei individuals from Nanjiang Biotechnology Company Limited in Hainan province, and association analyses were carried out to evaluate the effects of genot