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B型DNA仅仅是众多DNA双螺旋构象中的一种。在外界条件的改变下,双螺旋的构象也会改变。;模型中的碱基配对有何重要性?;; 第三节DNA的结构和性质 ;碱基配对及氢键形成;;腺苷(AR) 脱氧胞苷(dCR);二. 双螺旋结构的构象变异;;Z-DNA的发现:
1972年
Pohl et al 发现 poly(dG-dC)在高盐下旋光性发生改变;
1979年
Wang A.H-J(王惠君), A.Rich对 d(CGCGCG)单晶作X衍射分析提出Z-DNA模型;三 左旋DNA;目前已知DNA双螺旋结构可分为A、B、C、D及Z型等数种,除Z型为左手双螺旋外,其余均为右手双螺旋。 ;; 生化专业术语委员会 建议用俯视图(N9→C1’);核苷的顺反构象;;;Z-DNA存在的条件:;(三)生物学意义;;四、DNA的三级结构; 超螺旋(Supercoied) ;(一)DNA的超螺旋结构;原核生物DNA的三级结构:
绝大多数原核生物的DNA都是共价封闭的环状双螺旋。如果再进一步盘绕则形成麻花状的超螺旋三级结构。 ;超螺旋的定量描叙;;T(Twisting number):缠绕数,即双螺旋的圈数。
其特点是:
(1) 可以是非整数;
(2) 是变量;
(3) 右手螺旋时T为正值。
超螺旋的量度可以用超螺旋密度λ来表示:
λ=(L-T)/T
在天然DNA中, λ约为-0.05
;(二)三链和四链DNA;三链DNA;H|
DNA;;;;鸟嘌呤四聚体;;第四节 DNA的变性与复性;下列因素可导致DNA变性:
高温、
酸、
碱、
尿素、
甲酰胺
DNA变性后物理性质发生的变化:
(1)流体力学的性质发生改变:粘度下
降,而沉降速度增加;
(2)提高了对紫外线的吸收能力,此称为
增色效应(hyperchromic effect)。
;双链DNA的A260=1.00(浓度为50μg/ml时,对波长260nm紫外线的吸收能力);
单链DNA的A260=1.37;
游离碱基或核苷酸的A260=1.60。
解链温度(melting temperature, Tm)或熔点,Tm是A260的升高达到极大值一半时的温度。即是变性温度范围的中点。
影响变性的因素:
外部条件如温度和正离子的浓度。
浓度低于0.4mol/L,单价阳离子增高10倍,
T m增加16.6°;
内部条件
GC含量及分子类型
当GC的含量上升1%,则Tm上升0.4℃
马默多蒂(Marmur-Doty)关系式:
Tm = 69.3+0.41(G +C)%,
或 GC%=(Tm-69.3)×2.44
;复性动力学公式;(1) 单链浓度随着时间的增大而减小;
(2)反应速率取决于初始的单链浓度Co;
(3) 以反应浓度和COt1/2为座标可绘复性曲线;
(4) 通过COt1/2值可测原核生物基因组的大小;
已知大肠杆菌的基因组为4.2x106bp, COt1/2 = 9M.Sec
COt1/2 (任何基因组DNA)/9M.sec
= 任何基因组大小/4.2X106bp
(5)原核生物基因组大小不同,复性曲线也不同;
(6) 可用以区分真核生物和原核生物基因组。
;;;; 单一顺序和重复顺序 复性动力学曲线的区别;;;; 影响复性反应的因素;在复性反应中如何知道单链已经结合成双链了呢?; 第五节 分子杂交; 常用的分子杂交方法;;;;;
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