08 RNA生物信息学.pdf

生物信息学 第八章：RNA生物信息学 中心法则 DNA：Deoxyribonucleic acid，脱氧核糖核酸； RNA：RiboNucleic Acid，核糖核酸； RNA的主要种类及功能 种类 功能 信使RNA mRNA 蛋白质合成模板 核糖体RNA rRNA 核糖体组分 转运RNA tRNA 转运氨基酸 核内不均一RNA HnRNA 成熟mRNA前体 核内小RNA SnRNA 参与HnRNA剪切转运 核仁小RNA SnoRNA rRNA的加工、修饰 胞浆小RNA scRNA 组成蛋白质内质网定位合成的信号识 别体 小干扰RNA siRNA 通常为外源，通过和相应蛋白结合形 成RISC，降解互补的目标mRNA 微RNA miRNA 通常为内源，通过和靶基因mRNA配 对引导RISC降解mRNA或阻碍其翻译 本章内容提要 1. RNA结构与功能关系 2. miRNA及其靶基因预测 miRNA靶基因预测方法 miRNA数据资源 3. RNA二级结构预测 2D Dot plot 最小自由能-动态规划算法 RNA结构层次  一级序列  二级结构  三级结构  RNA的互补序列是形成二级结构的基础。 同源RNA序列的协同变异  RNA中互补碱基对形成的保守的二级结构 往往比序列本身更重要。 covariation RNA二级结构  由自身序列折叠形成配对区和不配对区的 多种组合模式，构成不同的二级结构：配对 的双链RNA螺旋，发卡环，突环，内环，多 分支环 互补配对：C与G，三对氢键相互作用，最 稳定；A与U，二对氢键相互作用 不稳定配对：G与U，一对氢键相互作用 RNA二级结构类型 RNA二级结构单元间的相互作用  一般不能用二级结构预测工具发现。 假结 (pseudoknot) 相吻发卡 (kissing hairpin) 发卡-突环接触 (hairpin) RNA三级结构  类似蛋白质，单链RNA分子发挥生物学功 能，往往需要特异性的三级结构。  二级结构单元以氢键相互作用形成骨架。  RNA带电荷，金属离子，如Mg2+，常常需 要参与稳定二级结构及三级结构。 Structure of a hammerhead ribozyme, a ribozyme that cuts RNA rRNA的二级结构 rRNA的结构与功能 rRNA的序列结构特点  甲基化位置在核糖2 - 羟基上，真核生物 rRNA 的甲基化程度比原核生物rRNA 甲基 化程度高。如哺乳动物中，18S和28S的 rRNA约2%核苷酸甲基化；  单链RNA自折叠，形成螺旋区和环区；所 有螺旋区碱基均保守；  所有来源的rRNA均能形成4个结构域，(Ⅰ 、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ)，每个结构域均含许多茎(螺 旋段)和环,它们通过相邻碱基对的相互反应 彼此靠近; rRNA的结构与功能关系  核糖体每个亚基均以1或2条高度折叠的rRNA为骨 架，将几十种蛋白质紧密结合在一起，rRNA大部 分被包围在内核。 核糖体的活性中心全部由RNA构成。 rRNA的SD互补序列提供对mRNA中SD序列的识 别。  rRNA中的保守碱基形成核糖体解码的关键区域。  在序列上分散的功能位点，在3D结构中相接近。 在核糖体合成蛋白质时，rRNA发生显著构象变化 ，导致rRNA上功能位点的暴露，从而执行相应功 能。  tRNA的一级结构特点 大多数由75~77个核苷酸组成，15~16个为固定 核苷酸，不同种类tRNA中，61~62个位点可变 含稀有碱基较多 5´末端大多数为G 3´末端为 — CCA-OH tRNA的结构与功能 HN N N N O R I HN CH2 CH2 NO O R DHU 7N N N N OH R mG H2N CH3 HN NH O O R 5 1 ψ tRNA的二级结构 氨基酸臂 额外环 三叶草形 tRNA的三级结构 —— 倒L形  许多氢键由固定碱基形成  多 种tRNA形成相同的三级结构  几乎所有碱基均定向排列形成 堆叠(stacking),疏水面堆叠作用 是稳定tRNA三级结构的主要因 素。 mRNA的结构与功能 hnRNA 内含子 (intron) mRNA mRNA成熟过程 外显 子 (exon) mRNA的一级结构特点 1. 大多数真核mRNA的5´末端均在转录后加上一 个7-甲基鸟苷，同时第一个核苷酸的C´2也是 甲基化，形成帽子结构：m7GpppNm- 2. 大多数真核mRNA