7-生物信息学教程.ppt

Project mode(项目模式 ): 允许用户提交经过手工优化的请求给服务器 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 自动模式建模 粘贴已知序列 填写须报信息 如果进行注册， 即可返回结果 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 如不注册，则等待email回复：提示link: /workspace/index.php? * 复旦大学图书馆文献检索教研室 下载显示软件后，显示三维预测图像 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 （四）蛋白质功能预测 例：对给定的未知功能的序列example预测其功能 http://www.ebi.ac.uk/interpro/ * 复旦大学图书馆文献检索教研室 未知功能蛋白质序列 MASVSFEQVTKQFDDYVAVNNLNLEIEDGEFLVFVGPSGCGKTTSLRLLAGLETVSQGQICIGDRRVNEL SPKDRDIAMVFQSYALYPHMSVYENMAFSLDLQGKPKEEIRQRVCSAAELLGIEKLLHRKPKELSGGQRQ RVAVGRAIVRKPSVFLMDEPLSNLDAMLRVQARKEISKLHSDLATTFIYVTHDQVEAMTMGDRIAVMKDG ILQQVDSPANLYNQPANLFVAGFIGSPAMNFFQVERLSQEGKEKLSLDGVVLPMPDSVAKNGDRPLTLGI RPENIYHPQYLPLEIEPMELPATVNLVEMMGNELIVYAQTPAGTEFVARIDPRVNIKQKDSVKFVVDTQR FYYFDREMETAIF * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白家族域和功能位点知识集成文献资源http://www.ebi.ac.uk/interpro/index.html 将已测序列黏贴入框 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 pfam蛋白质家族结构域数据库 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 功能描述 * * 复旦大学图书馆文献检索教研室 OMIM检索Keratoderma palmoplantar 染色体位点 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 OMIM检出结果 表型基因相关关系 链接Gene Map * 复旦大学图书馆文献检索教研室 UCSC Genome Browser on Human University of California, Santa Cruz 人类基因组浏览器 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 提供大型基因组采集数据的 参考序列、装配工作草图 6.网络版图书 内容目录 全文 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 （三） 蛋白质结构预测 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白质预测的常用途径 1. 从氨基酸组成辨识蛋白质 2. 预测蛋白质的物理性质 3. 蛋白质二级结构预测 4. 其它特殊局部结构 5. 蛋白质的三维结构 1. 从氨基酸组成辨识蛋白质的程序 1.1 ExPASy工具包 http://www.expasy.ch/tools/ 1.2 序列属性的方法搜索蛋白数据库 rs.fr/propsearch/ Uwe Hobohm*, Chris Sander （European Molecular Biology Laboratory, 69012 Heidelberg, Germany ）：“艾滋病毒的Nef蛋白与MHC人类白血胞抗原相似吗？”，FEBS-333（1993）:211-213（SCI收录）。 通过PROPSEARCH 辨识蛋白质结构：将已测序列粘贴到检索框，该序列可包含唯一的氨基酸残基字符（一个字母代码），没有空格 、无位置符号，回车。  * 复旦大学图书馆文献检索教研室 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 2. 预测蛋白质的物理性质 Compute PI/MW ：/compute_pi/ Peptidemass ：http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html * 复旦大学图书馆文献检索教研室 3. 蛋白质二级结构预测 3.1 ExPASy（http://www.expasy.ch/tools/）； 3.2 PredictProtein（ ） 4. 其它特殊局部结构 4.1 COILS： 4.2 TMpred：/software/TMPRED_form.html。 4.3 SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白质的三维结构 7.5.