皱纹盘鲍4个群体与九孔鲍16S rRN A基因遗传差异分析.pdfVIP

第 33卷第 ll期 201 4 F 11月 水 产 FISHERIES 科 学 SCIENCE V0【-33 No．1l NOV．2O14 皱纹盘鲍 4个群体与九孑L鲍 1 6 S rRN A 基因遗传差异分析 陈 丽 。～．申 欣 ，向治楚。，秦银银。，林权享。，孟学平。 (1．江苏省海洋资源开发研究院，江苏 连云港 222005；2．江办省海洋生物产业技术协同创新中心， 江苏 连去港 222005；3．淮海工学院 海洋学院 ，江苏 连云港 222005) 摘 要 ：采用 PCR方法扩增了皱纹盘鲍 (4个 群体)和九孔鲍 (1个 群体 )共 5个群 体 (53个 样本 )16S rRNA基因片段(16S)，测序获得了 1000 bp核苷酸序列，其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析， 旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孑L鲍间的遗传差异。从 52个序列中共检测到 17种单倍 型，其中皱纹盘鲍 4个群体有 13种单倍型，九子L鲍 1个群体(9个样本)有 4种单倍型。单倍型核苷酸 序列比对显示．变异位点占比对位点的 2O．5％，基于单倍型的皱纹盘鲍 4个群体间的遗传距离为0．002 t 0．01l，平均为0．005；九孑L鲍群体内的平均遗传距离为 0．004，两种鲍间的平均遗传距离为 0．218；两 种鲍间的遗传分化系数 F_统计量 F 平均为 0．982，皱纹盘鲍 4群体间的 FsT值为 0．0051～0．0065。 本研究显示 2种鲍群体 内 16S变异qE4,。系统发育 分析鲍属 l1种 鲍的聚类关 系 ，显示 皱纹盘鲍 与盘 鲍、日本鲍交叉聚为～支，九孑L鲍与杂色鲍也交叉聚为～支，4个种类未聚成单系支。 关键词 ：皱纹盘鲍 ；九孔鲍 ；16S rRNA基因 ；遗传差异 中图分类号 ：Q786 文献标 识码 ：A 文章编号 ：1003一l111(2014)l1—0702—06 鲍 是 名 贵 海 产 动物 。全世 界 发 现 鲍 约 100 种n。]，其 中较重要 的经济种类不超过 2O种，中国 发现 的鲍 有 7种L4]。皱纹 盘 鲍 (Haliotis discus hannai)和九孔鲍 (H．diversicolor supertexte)是 我国两种重要的养殖种类[5]。随着养殖规模的扩 大 ，带来种质资源衰退 的问题 ，严重影响鲍增养殖 业生产。优 良种质资源的保护与选 育需 要明晰 的 遗传 背 景。关 于鲍 分子 遗传 学 研究 已有 许多 报 道 。 。线粒体 DNA是一种常用的分子标记 ，16S 是线粒体核糖体大亚基 rRNA基因，已经广泛地应 用于软体 动物的遗传差异[18]、系统发育分析[19 21]， 基于 16S的皱纹盘鲍养殖群体分子遗传差异分析报 道较少，本研究拟对皱纹盘鲍不同养殖群体进行 16S 核苷酸差异分析，并与九孔鲍 16S进行比对分析，旨 在深入了解皱纹盘鲍和九孔鲍的遗传背景，为其优良 品种的选育提供资料，为鲍增养殖业服务。 1 材料与方法 1．1 试验材料 试验用九孑L鲍 1个群体(XJK：24个样本)采自 厦门养殖场，皱纹盘鲍 4个群体分别采 自大连 (15 个)、漳浦(15个)和福州(福州 1：15个，福州 2：15 个)菜市场。样本经鉴定后，取斧足肌 75 乙醇固 定备用或鲜组织直接提取 DNA。 1．2 DNA提取及 PCR扩增 取乙醇保存 的样本 ，洗出乙醇后、或新鲜 组织 用 SDS、蛋白酶 K裂解组织 ，酚氯仿抽提蛋 白质，乙 醇沉淀 DNA，获得总 DNA。引物设计：自GenBank 检 索 得 到 皱 纹 盘 鲍 线 粒 体 基 因 组 DNA (EU595789)，从中析 出 16S rRNA基因全 序列 ，用 Primer—BLAST(http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／ tools／primer—blast／index．cgi?LINK L0C=Blas— tHome)在线 设计 皱纹 盘鲍 16S特异 引 物 ：Hal一 16sF：5 CAT CGA GGT CGC AAA CCC T 3’(12 922～ 12 940 bp)，Hal一16sR：5 GGC TTG CGT CAT CGT TGT 3 (13 908～ 13 891 bp)。PCR反 应体系25 L，模板约 5O ng，dNTP(10 mmol／dm。 each)0．5ⅡL，Taq DNA聚合酶[DOO90，生工生物 工程(上海)股份有限公司]1 u，95℃预变性 5 收稿 日期 ：2014-01一l4； 修回 日期 ：2014-05一l4． 基金项目：江苏省自然科学基金资助项目(B；连云港市产学研联合研究项 目(CX