基于茎区的神经网络方法预测RNA二级结构.pdfVIP

第 ??卷 第 ?期? 广西 师范 大学 学报 ：自然 科学 版? ??????? ??．?? ????年 ?月? ???????????????????????????????????：??????????????????????? ????．????? 基于茎 区的神经 网络方法预测 ??? 二级结构? 许 丹 ，王爱 荣 ，李 金铭? ?福建农林大学 计 算机 与信息学院 ，福建 福州 ???????? 摘 要 ：??? 二级结 构预测是生物信息学的一个重要研究 内容 。作为预测方法之一的神经 网络 已被广 泛应 用? 于 蛋白质结 构预测 ，但 在 ???二级结 构的应用甚少 。本文改进 传统预测 ??? 二级结构 的 ????????神经 网? 络 。算法 以茎作 为网络神经元 ，通过与相似结构茎区的 比对 ，初 始化神经元 ，并据此修改 网络 的激 励系数。实? 验把改进后算法与改进前 ?种算法 、?????、????????????比较 ，结果表明本文提出的算法对序列长度较 小并? 且保守性较好的 ????分子有很好的效果 。? 关键词 ：????????神经 网络；???二级结构 ；茎区 ；????? 中图分类号 ：????；?????．?? 文献 标识 码 ：?? 文章编号 ：????—????????????—????—??? ??? 作 为重 要 的生物 大 分子 ，其 结构 同 蛋 白质类似 ，也有 一级 结 构 、二级 结 构 、三 级 结 构甚 至 四 级结? 构 等形 式 。一 级结 构是 指 ??? 序列 中 ?种核苷 酸 的不 同排列顺 序 。二级 结构 是 由 ??? 序列通 过 自身 回? 折 使得彼 此配 对 的碱基 相遇 从而形 成 的茎 环结构 。连 续配 好对 的碱 基 区称作 茎 区 ，不能 配对 的碱 基 区形成? 无规 则 的 环 。由于对 ??? 三级 结 构 的研 究难 度 比较 大 ，目前人 们还是 着 力 于 ??? 二 级 结构 的预 测 上 。? ??? 二级 结构 的 预测有 ?种 方法 ，第 一种 是 实验 法 ，即通 过 实验 ?如 ? 射 线 晶体 衍射 和核 磁 共振方 法 ?来? 确定 ???分子的二级结构 ，此方法 花费高、难度大 ，使得研究人员转向第二种方法— — 利用生物信息学? 的手 段来 解决 。近 几年 的研 究表 明 ，用 生物 信 息学 的方法 预测 ??? 二级结 构确 实可 行 ，常见类 型 有 ：? 第一 类 ：比较 序列分 析方 法 ?】?。这 类方 法 中常用 的 ?种模 型是 ：共变 预测模 型 和 随机 上下 文 无关 语法? 预 测模 型 。作 为一 个理论 结 构预测 方 法 ，比较序 列分析 方 法 的预 测 结果正 确 度仅次 于采 用 实验方 法得 出 的? 结构 ，但 是 使用该 方 法需 要大 量 的 同源 序列 ，而且 前提 是 假定 它 们有 相 同的 二级 结构 ；另外 它对 序 列 的保? 守性 也有 要求 ，比较耗 时 。? 第二 类 ：动态 规划 算法 ???