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长非编码RNA测序分析实战讲解之表达定量和差异及功能分析;步骤四：表达值的定量
定量策略工具
步骤五：差异分析
差异分析工具
步骤六：功能注释
附录：运行命令
;3;测序数据;步骤三：转录本的构建（Cufflinks/Scripture）
构建流程详解
基因存储文件: Gtf, Bed格式文件
Cuffmerge/cuffcompare合并转录本
转录本构建效果评估
多外显子比率、已知覆盖程度
步骤四：长非编码RNA的鉴定
鉴定流程详解
关键:如何判断编码或是非编码基因
工具：CNCI，CPC, PhyloCSF
;6;步骤四：表达值的定量
定量策略工具
步骤五：差异分析
差异分析工具
步骤六：功能注释
附录：运行命令
;8;9;10;FPKM定量;长编码RNA表达定量;步骤四：表达值的定量
定量策略工具
步骤五：差异分析
差异分析工具
步骤六：功能注释
附录：运行命令
;14;Cuffdiff输出结果;表达差异分析结果;17;18;步骤四：表达值的定量
定量策略工具
步骤五：差异分析
差异分析工具
步骤六：功能注释
附录：运行命令
;20;David GO: 数据上传;David GO: 注释数据库选择;David GO: Functional Annotation Clustering;David GO: Functional Annotation Chart;25;步骤四：表达值的定量
定量策略工具
步骤五：差异分析
差异分析工具
步骤六：功能注释
附录：运行命令
;运行命令汇总;
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