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2012 生物信息学复习题 一、选择题 1. 根据 PAM 打分矩阵，下列哪个氨基酸最不容易突变？ A) 丙氨酸 B) 谷氨酰胺 C) 甲硫氨酸 D) 半胱氨酸 2. 下列哪个句子最好描述了两序列全局比对和局部比对的不同？ A) 全局比对通常用于 DNA 序列，而局部比对通常用于蛋白质序列； B) 全局比对允许间隙，而局部比对不允许间隙； C) 全局比对寻求全局最大化，而局部比对寻求局部最大化； D) 全局比对比对整条序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列 3. 与 PAM 打分矩阵比较，BLOSUM 打分矩阵的最大区别在哪里？ A) 它最好用于比对相关性很近的序列； B) 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对； C) 它是基于远相关蛋白的局部多序列比对； D) 它结合了局部和全局比对信息 4. 全局比对算法（如 Needleman-Wunsch 算法）是这样一种算法： A) 把两条比较的蛋白质放到一个矩阵中，然后通过穷尽搜索每一个可能的比对组合来 寻找最佳分值的比对； B) 把两条比较的蛋白质放到一个矩阵中，然后通过迭代递归的方法找到最佳的分值； C) 把两条比较的蛋白质放到一个矩阵中，然后通过寻找最佳子序列的方法来找到最佳 的比对； D) 能用于蛋白质，但不能用于 DNA 序列 5. 数据库搜索中或双序列比对中，敏感性定义为： A) 搜索算法寻找真阳性（即同源序列）和避免假阳性（即不相干序列，但具有高相似 分值）的能力； B) 搜索算法寻找真阳性（即同源序列）和避免假阳性（即没有被搜索算法报告的同源 序列）的能力； C) 搜索算法寻找真阳性（即同源序列）和避免假阴性（即不相干序列，但具有高相似 分值）的能力； D ) 搜索算法寻找真阳性（即同源序列）和避免假阴性（即没有被搜索算法报告的同源 序列）的能力； 6. 如有一小段 DNA 序列，基本上它能编码多少种蛋白？ A）1 B）2 C）3 D）6 7. 有一段 DNA 序列，如想知道在主要的蛋白质数据库中哪一个与该 DNA 编码的蛋白最接近， 你会选择用哪一个程序？ A）blastn B）blastp C）blastx D）tblastx E）tblastn 8. blast 检索的哪一种输出估计了假阳性的数目？ A）E 值 B）Bit score C）Percent identity D）Percent positives 9. 将下面哪个 blast 参数改变后会得到更少的检索结果？ A）关闭 low-complexity filter B）将期望值从 1 变为 0 C）提高极限值 D）将打分矩阵从 PAM30 改为 PAM70 10.极值分布 A）描述了对数据库的 query 的 scores 的分布 B）比正态分布的总面积大 C）对称 D）形状可用两个参数来描述，即 μ（平均值）和 λ（衰减系数） 11.当 blast 检索的 E 值减小时 A）K 值也减小 B）score 变大 C）概率 p 值变大 D）极值分布偏斜率减小 12.标准化的 blast score（也称为 bit scores） A）是没有单位 B）可在不同的 blast 检索之间比较，即使使用了不同的打分矩阵 C）与使用的打分矩阵无关 D）可在不同的 blast 检索之间比较，但前提是使用相同 的打分矩阵 13.在 EMBL 和 NCBI 数据库中未加工的 DNA 序列（与注释序列相比）是 A）完全重叠了 B）很大程度上重叠了，不过序列不同 C）相对只有一点重叠 14.下面的哪种工作，PSI-BLAST 搜索最为有效 A）在老鼠中找一个人类蛋白质的同源蛋白 B）在数据库查询中找到更多的匹配蛋白 C）在数据库查询中找到更多的匹配 DNA 序列 D）用模式序列或者信号序列加