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分子动力学模拟势函数
势函数;长程相互作用;;截断半径;Ewald加和;;问题收敛慢;实空间;; 自能项
实空间加和包括一个自能项,要减去
校正项
;能量极小化Energy Minimization;;共轭梯度法;局部极小;分子动力学模拟;
Z 正则系综配分函数
;时间平均;准各态历经假说;牛顿分子动力学;解运动方程的算法;;Verlet 算法;;Leap frog 算法;;优点;实际模拟;;;;Mutiple Time Step Methods;;分开快运动和慢运动;分解iL为iL1及iL2是任意的,可减少CPU时间4-5倍;约束;Lagrange不定乘子法;在原子i和j之间距离约束的校正,加在rij方向,以原子质量为权重;;边界条件;;正四面体 截断正八面体;非周期边界条件;;温度;与热浴耦联 T=T0;;;压强;与压力浴耦联;;; ;随机动力学;;布朗动力学;分析动力学轨迹
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