氨基酸约化分类对亚线粒体蛋白定位的预测.pdfVIP

第????卷年 第 ?期月? ???????????????内??蒙??古??大???学??学?报?????自??然?科??学??版????????????????????? ???? ????? ??????? ??．?? 文 章 编 号 ：????— ????????????—???????? 氨基 酸 约化 分 类 对 亚 线粒 体 蛋 白定 位 的预 测 。? 张 艳 ，孙? 慈 ，项新媛 ，左 永春 ，李前 忠? ?内蒙 古 大 学 物 理 科 学 与 技 术 学 院 ，呼 和浩 特 ???????? 摘要 ：在 ??和 ???构建的首个亚线粒体定位数据库基础上，将线粒体蛋白依据亚线粒体位置? 细分 为 四大 类 进 行 预 测 ．对 基 于 氨 基 酸 的 亲 疏 水 特 征 、物 理 化 学 特 征 和 结构 特征 的蛋 白质 序 列? 约化 信 息 做 出讨 论 ．给 出在 单 肽 组 分 和 六 类 亲 疏 水 约 化 情形 下 的 蛋 白质 序 列 最 佳 分 割 位 点 ，结? 果 不 仅 符 合 真 实 生 物 学 现象 而且 范 围更 加 精 确 ，可 为相 关 实 验 研 究 提 供 参 考 ．提 出 了最 佳 组 合? 参 数 ，该参 数是 ??一 ?．??，?一 ??时亲 疏 水 残 基 指 数 值 及 平 行 相 关 形 式 的伪 氨 基 酸 组 分 结 合 全? 序 列 单 肽 组 分 ，利 用 支持 向量 机 算 法 进 行 预 测 ，达 到 了较 好 的 预 测 结 果 ．利 用 本 文 提 出 的 最 佳? 组 合 参数 对未 知蛋 白序 列 进 行 检 验 ，结 果 显示 有 一 定 注 释 作 用 ，特 别 是 对 于 ??????????????? 类 和 ??????类 的预 测 精 度 较 高 ．? 关 键 词 ：亚线粒体定位 ；约化组分 ；伪氨基酸组分 ；支持 向量机? 中图分 类号 ：???? 文献标 志码 ：?? 蛋 白质 的亚 细胞定 位是蛋 白质组 学研 究 的重要信 息 ，也是蛋 白质功 能研究 的重 要方 面．蛋 白质要? 参与 正常 的生命活 动 ，必须 处 于特定 的亚 细胞 区域 ?如 细胞核 、线粒 体 、细 胞质等 ?才 能发挥其 功能．因? 此 ，蛋 白质 的功能与 其在 细胞 内的位置 密切 相关 。?，获得 蛋 白质 的亚 细胞位 置信息 对进 一步 了解蛋 白? 质 的功 能是非 常必要 的．通 过实验 手段 获得蛋 白质 的亚 细胞定 位是较 直接 的方法 ，但 随着 蛋 白质序列? 的快速增 加 ，依 靠实 验技术 获得亚 细胞定 位就 显得耗 时 长 ，成本 高．因此 ，利 用计算 方法来 进行 蛋 白质? 的亚细胞定 位预 测 ，成 为对传 统实验 方法 一个很 好 的辅 助 手段．研究蛋 白质亚 细胞 定位 的方法根 据提? 取 特征信 息的不 同 ，大致 有蛋 白质序 列 ?端 信号 。?，蛋 白质氨 基 酸组分 或 氨基 酸特 性。?，蛋 白质 功能? 注解 “?及进化 与结 构等信 息 的预测方 法．近 年来 ，将 以上几 种 特征 结 合在 一 起 的组 合信 息 较 为常 用．? 与之 相关 的预测 算 法 主 要 有 ??????模 型? 、神 经