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2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程” “螺旋课堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程” 螺旋 亲爱的螺友们好，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让我们一 同在讨论中学习，在交流中成长！ 分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从某种意 义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当然，这 个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的核苷算序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因的转录调 控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要谈一下对 于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用的方法， 也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有详细说 明. 一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其 转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个 碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的 基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。 我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下. 2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程” 1 首先需要在 NCBI 里面查找到 AGGF1基因的 mRNA 序列,这个我想大家都应该很清楚,如 下图. 2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程” 2 然后就是用这段 mRNA 序列和人类的基因组序列 BLAST 3 BLAST 得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。 2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程” 4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一 目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第 一外显子上面，我用红色的方框标明了。 2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程” 5 大家有没有注意到左上方有个数据框，可以适当放大你的核心区域，我把数值改为 76,360K 到 76,362.200 ,刚好2200BP,包括了第一个外显子的前200BP 左右. 然后点击红色框标明的 Download/view sequence.