Vect0rNTI使用中文说明.docVIP

Vector NTI 它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。 一、Vector NTI 作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。 （一）对分子序列的操作 我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。 A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中： 1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）； 2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH； 3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome； 4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA; 5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。 B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击 “Molecule” 菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。 （二）常规操作： 当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。 1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示出所选区域的范围。 2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。 3．选中序列片段后，点击Edit菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和用其它序列来代替等。 4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as 5．当希望序列显示单链时，点击View – Show Both Strands （三）常规分析： 1．设计PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes： 选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。 需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所以此处不详述。 2．序列基本信息分析： 选中序列区段后，选Analyze – Oligo Analysis, 在Oligo Analysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。 3．酶切图谱分析 点击Analyze菜单中Restriction Sites命令，出现“Restriction Map Setup”对话框，点击Add按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。点击OK后程序自动完成酶切分析。 4．Motif查找 点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的Motifs Setup对话框中我们可以添加新的Oligo或从Oligo Database和Oligo List中选取；选中后点击OK按钮，程序完成Motif的查找，同时给出相似性的百分比。 5．ORF查找 点击Analyze菜单中的ORF命令，在出现的ORF Setup对话框中，填入ORF的最小长度（多少个密码子）以及其它一些设定后点击OK，程序自动完成ORF的查找。 6．翻译 翻译前选中一个ORF或一个区域，这里我们希望把pGH cDNA基因完全翻译成蛋白质，因此选中最长的一个ORF（7－657bp）。点击Analyze菜单中的Translate命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出现的“New Protein Molecule”对话框中给出新蛋白质的名称后点击确定，程序完成翻译并打开一个新的窗口，显示氨基酸序列。 7．反翻译 选中氨基酸序列片断，点击Analyze菜单中的BackTranslate命令，确认是“整个序列”