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生命科学学院 10生甲班 郎PAGE  PAGE 4 浅谈生物信息学在推测序列之间进化关系的应用 20世纪是科学技术迅速发展的世纪，生命科学也在20世纪同样得到了发展，生理学、细胞生物学、分子生物学等学科的发展，使我们从器官、组织、细胞以及生物大分子等各个层次认识了生命的物质基础。尽管如此，我们对生命的奥秘还不是十分了解，对生命信息的组织、传递和表达还知之甚少。 在本学期，我们开设了《生物信息学基础》这门课程，通过学习，我对生物信息学也有了一定的了解。关于生物信息学这个名词有许多不同的定义。它广义的概念是指应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生物过程中信息的存储、信息的内涵、信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织和器官的生理、病理药理过程中的各种生物信息或者也可以说是生命科学中的信息科学。生物信息???狭义的概念是指应用信息科学的理论、技术和方法，管理、分析和利用生物分子数据。在现阶段，一般提到的生物信息学就是指这个狭义的概念，更准确地说，应该是分子生物信息学。 生物信息学的发展将揭示生物信息的本质，使人们彻底了解、掌握遗传信息的编码、传递及表达，从而加快了人类了解自身的进程。目前生物信息学的研究任务主要包括以下3个方面：1、收集和管理生物分子数据，使生物研究人员能够方便的使用这些数据，并为信息分析和数据挖掘打下基础；2、进行数据处理和分析；3、开发分析工具和实用软件，解决具体问题，为具体的生物信息学应用服务。生物信息学的研究是从理论上认识生物本质的必要途径，通过生物信息学研究和探索，可以更为全面和深刻的认识生物科学中的本质问题，了解生物分子信息的组织和结构，破译为基因组信息，阐明生物信息之间的关系。生物信息学的出现将改变生物学的研究方式，生物学已经从一次只分析一个生物分子的时代跳跃到同时分析成千上万个生物分子的时代。同样生物信息学研究在医学上也有重要的意义，通过生物信息学的分析，可以了解基因与疾病的关系，疾病的产生机理，为疾病的诊断和治疗提供依据，还可以为动植物的物种改良提供坚实的理论基础。 纵观整本《生物信息学基础》共分为：1、生物信息学引论；2、生物信息学的生物学基础；3、序列比对；4、生物分子数据库；5、基因组信息分析；6、系统发生分析；7、蛋白质结构预测；8、基因表达数据分析。当然还有上机操作，让我们不仅掌握理论，还要学会将理论应用到实际生活中。本次我将以第三章序列比较为主，浅谈一下生物信息学在推测序列之间进化关系的应用。 序列比较是生物信息学中最基本，最重要的操作，通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。在分子生物学中，DNA或蛋白质的相似性是多方面的，可能是核酸或氨基酸序列的相似，可能是结构的相似，也可能是功能的相似。研究序列的相似性的目的主要有:1、通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能；2、通过序列的相似性，判别序列之间的同源性，推断序列之间的进化关系。作为本册书的重点部分，老师也主要为我们讲解了序列的相似性、两两比对的的算法、序列的多重比对这三节。通过学习我们知道了序列比较的主要对于紧密相关的物种，具有相同结构/功能的蛋白质通常具有相似的蛋白质序列,因此可用于结构、功能预测。序列/结构/功能相似的序列，具有保守的motif/domain，发现重要的功能位点。推测序列之间的进化关系（多序列比对），研究突变，自然选择，物种的形成（speciation）突变产生新蛋白质有益突变得到保留产生新的遗传性状产生新物种。序列比对的目的：通过统计序列之间的相似程度，来还原突变过程，描述进化故事。 我们通过子序列与完整序列的比对，寻找最大的相似子序列，准全局序列比对，比较相似序列的方式，找到核酸与蛋白质序列之间的相似性。序列的相似性可以是定量的数值，也可以是定性的描述。相似度是一个数值，反映两条序列的相似程度。同源和相似是两个易被混淆的概念。两条序列的同源是指他们由共同的祖先，在这个意义上，无所谓同源的程度，两条序列要么同源，要么不同源。一般来说，相似性很高的两条序列往往具有同源关系；但也有例外，即使两条序列的相似性很高，但他们可能不是同源序列，这两条序列的相似性可能是由随机因素所产生的，这在进化上称为“趋同”这样一对序列可以称为同功序列。 序列比较可以分为四种基本情况：（1）两条长度相近的序列是否相似找出序列的差别（2）判断一条序列的前缀与另一条序列的后缀是否相似如序列组装（3）判断一条序列是否是另一条序列的子序列，一个单结构域蛋白可能与一个多结构域蛋白的一个区域同源。（4）判断两条序列中是否有非常相似的子序列分析保守序列 目前，生物信息学的核心是基因组学，生物信息学在人类基因组计划的大力推动下得到迅速的发展。关于人类基因组计划老师也为我们做了简要的介绍，