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Minimize命令 Minimize命令 使用格式： minimize（命令名） tolerance（误差限） maxiter （ ）maxeval（ ） 说明：tolerance ＝ stopping tolerance停止公差、容差 maxiter ＝ 优化器的最大叠代次数（max iterations of minimizer） maxevel ＝ 总的（ 力/能 ）评估值的最大个数（max number of total force/ energy evalutions） 例子： minimze 1.0e-4 100 1000 描述： 该命令用来执行一个系统的能量的最小化（energy minimization），通过调整每个原子的原子坐标。使用的优化算法由命令 min_style设置。能量最小化命令可以被和run命令交替使用(interspersed)，在松弛和动力学之间分布（Minimize commands can be interspersed with run commands to alternate between relaxation and dynamics.）。 最小化器 are implemented in a robust fashion坚固的方式 that should allow for systems with highly overlapped atoms (large energies and forces) to still be minimized by pushing the atoms off of each other.(通过推开每个原子，使得即 使有重叠的原子（具有高的能量和力）仍然可以优化，因为算法是很强壮的。不知道这样翻译对不对，这句太难理解了。 最优化器involves包括一个外部迭代循环outer iteration loop（用以设置搜索迭代方向，在这个方向上坐标被改变），内部的迭 代使用一个线搜索算法（An inner iteration is then performed using a line search algorithm. T）。线搜寻专门评估力和能量（几次），以设置新的坐标。最小化器在满足下列的任何一个准则的时候停止： * the change in energy between outer iterations is less than the tolerance * 外部迭代的能量的改变小于容许限的时候 * the number of outer iterations exceeds maxiter * 外部迭代超出最大迭代次数 * the number of force evaluations exceeds maxeval * 力评估次数超限 * the 3N dimensional force vector goes (nearly) to zero * 三维力矢量接近与零 对第一个准则，指定的误差是无单位的。当能量delta（即能量之差吧）对能量的幅度magnitude的比等于容差限的时候满足。（e.g. 在上面 的例子中为one part in 1.0e4，某分之一） 在优化期间，外层的迭代次数被当做一个时间步。输出是被这个时间步触发的。即动力学输出或者dump和restart文件等。Output is triggered by this timestep, e.g. thermodynamic output or dump and restart files. For optimal convergence对优化收敛性，pair_style最好在能量和力的截断距离上是光滑到零的，尽管不是必须的，但是是 最好使用。例子包括了pair/lj/charmm/coul/charmm and pair/lj/charmm/coul/long.。如果一个 软势函数被使用，则Astop值用来做预先因子（不和时间有关）If a soft potential is used the Astop value is used for the prefactor (no time dependence).有点晕户，希望明白的后面之解释一 下。 在优化期间，只有施加了力约束的fix（操作）才被调用。目前的执行表列出：The list of the currently implemented ones include fix addforce,