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同济大学生物信息学系 Tongji University Bioinformatics Department 海外团队 刘小乐 李程 李蔚 刘小乐 教授（Xiaole Shirley Liu） xsliu@ 刘小乐教授 1992 年考入北京大学生物系，1994 年转学到美国 Smith College 双修生物化学和计算机科学，三年后以最高拉丁荣誉毕业。 2002 年于斯坦福大学取得生物医学信息学博士和计算机科学辅修博士 学位后，被直接聘为哈佛大学终身制助理教授。她目前担任哈佛大学公 共卫生学院和 Dana-Farber 肿瘤研究所生物统计与计算生物学系的副教 授，和同济大学生物信息海外团队教授。 刘小乐教授的工作侧重于基因调控机制的生物信息和计算生物学研究。 她的科研组通过整合全基因组 ChIP-chip/Seq，核小体定位，组蛋白修 饰，基因表达谱，基因组序列等数据，构建转录与表观遗传调控的计算 和统计模型。她开发了一些被广泛应用和引用的算法来寻找转录因子主 题基序，进行 ChIP-chip/Seq 数据分析，并在表观遗传学方面做出前沿 工作。通过广泛合作研究，她不仅研究发现模式生物的基因调控机制， 还发掘了诸如癌症、老年化、代谢和免疫疾病的致病分子机制。最近她 的科研扩展到对于胚胎干细胞、细胞分化和诱导多能干细胞的基因调控 方面的计算生物学研究。她发表了 69 篇文献，包括 19 篇在 Nature / Cell 系列中。刘小乐教授不仅仅是实验室成员科学研究方面的导师，还 关注他们的职业发展前途。她课题组里的博士毕业生和博士后现都在优 秀高校终身制任教。 刘小乐教授 2002 年成为 The Chronicle of Higher Education 的封面人 物，获得 Bioinformatics Whiz 和 Rising Star 的美誉。她 2005 年获得 Claudia Adams Barr 创新基础癌症研究奖，2006 年获得国防部前列腺 癌研究计划新人奖， 2008 年获得 Sloan 基金会研究奖金。她目前担任 两项美国卫生部资金和一项国防部资金的 PI，以及五项 NIH 资金的骨 干(Co-PI)。 随着高通量测序技术的不断提高，生物学数据生成将会象超市购物一样 容易和充足，而且基础科学研究、转化医学研究、和临床研究之间的距 离将会缩短。在 5 年之内，用不到 $100 在一小时内测序一个人体基因 组将会成为现实。生物医学研究者的方向、模式和所提出的问题将会和 现在完全不同。 每个生物医学研究工作者都应该问自己：我怎样为这一 天做好准备？刘小乐教授期待着与有志向、有天分的同学们一起探索生 物医学的奥妙。 刘小乐教授实验室主页：/ 李程 教授 cli@ 李程教授 1995 年毕业于北京师范大学数学系，获计算机专业学士学 位。2001 年毕业于加州大学洛杉矶分校，获统计专业博士学位。2002 年起在哈佛公共卫生学院及 Dana-Farber 癌症研究所的生物统计与计算 生物系任助理教授，2008 年任副教授。2009 年被同济大学聘为生物信 息系海外团队教授。 李程教授研究兴趣为基因组是如何变化而导致癌症和神经退化性疾病的 发生和发展。我们开发高通量生物芯片和测序技术的数据分析算法和软 件，并且把它们应用于研究疾病细胞里基因组、表达谱和调控网路的变 化，以及这些变化与疾病症状和治疗结果的关系。通过与生物医学研究 人员的紧密合作，我们希望使用计算生物为发现未知的致病基因和机理 作出贡献，从而帮助开启个性化医疗的新时代。 李程教授研究组开发的 dChip 软件和相关数据分析方法被广泛应用于基 因表达和 SNP 生物芯片的数据分析和展示，主要文章被引用 1600 次。 研究组的工作目前由多项美