299分子动力学模拟石油大学绪论.ppt

中国石油大学;一、系综理论; 分子动力学模拟（molecular dynamics simulation，简称MD）方法首先是由Alder和Wainwright提出的，现已逐渐成为预测系统特性、验证理论和改进模型的计算工具。 MD方法的基本思想是把物质看成由原子和分子组成的粒子系统，从该体系的某一假定的位能模型出发，并假定体系粒子的运动遵循经典力学或量子力学描述的规律，若已知粒子的所有受力作用，则可以求解出运动方程而得到系统中全体粒子在相空间中的轨道，然后统计得到系统的热力学参数、结构和输运特性等。也就是由体系的微观性质来求算其宏观性质。属于微观尺度的模拟技术。; 相空间或称相宇，是经典的系综理论中为了描述系统的微观状态而引入的一个基本概念。; 处在一定宏观条件下，大量性质和结构完全相同的系统的集合。又称统计系综。系综是采用统计方法描述系统的统计规律性时引入的一个最基本的概念。;1.3 准各态历经假说;1.4 常用到的系综;1.5 统计系综（Statistical ensembles）;2.1 Newtonian mechanics ;2.2 Potential energy functions ;简单粒子系统;1、Lennard-Joans势;2. 硬球势（Hard-Sphere） ;2.3 Calculations of force, velocity, position ;The force causes an acceleration;2.4 Equations of motion ;2、有限差分方法-Verlet算法; 上式提供了一个方法，从粒子在前两步（t和t-h）时刻的位置以及t时刻的作用力来得到粒子在t+h时刻的位置。;②、Verlet 蛙跳格式（leap-frog）;③、Verlet速度相加形式;分子动力学模拟;3.1 初始化位型 ;;初始速度 ;3.2 Periodic boundary conditions ;D;3.3 Calculation of interactions ; 对势能的最大贡献来自于粒子的近邻区域，位势截断常用的方法是球形截断，截断半径一般取2.5σ或3.6 σ，对截断距离之外分子间相互作用能按平均密度近似的方法进行校正。 ;★Cell method;3.4 标度与趋衡 ; 一种按上述方法建立的系统不会具有所要的能量，而且很可能这个状态不对应一个平衡态，而所期望的体系参量是在平衡态通过统计平均得到的，所以为使系统达到平衡需要一个趋衡阶段。;3.5 The MD units ; A simulation run produces the raw data in form of a very large disk file, The file contains the complete state of the system at each step. ;1．内能;3. 压强;4．扩散系数 ;5、粘滞系数 ;6、径向分布函数------g (r) ;★分子动力学模拟方法的基本步骤;1．模拟参数; 计算体系的内能有着重要的意义，不仅是可以通过能量求出比热、表面张力等热力学量，更为重要的是内能（或势能）的演变是我们在模拟过程中判断体系平衡的依据。体系是否达到平衡直接关系到热力学量的真实性、稳定性和准确性。;表1 水的势能模拟结果与文献值和实验值的比较;3．水的扩散系数和粘滞系数 ;4．水的径向分布函数 ;1、位能模型;2、模拟分子数;粒子数;3、求解运动方程的算法;4、总时间步、时间步长;5、位能截断 ;Adsorption of methane on zeolite;Layer-Cell Modeler easily creates simulation of water-benzene interface;MgO Substrate Sputtered by Ar Plasma;;分子动力学模拟;;*;*;;MD预测的顺磁性和反磁性冰晶体结构;Ru-Al 合金断裂过程动态模拟;Molecular dynamics simulations of the adsorption of industrial silane molecules at a zinc oxide surface;分子动力学模拟;液相条件下单分子在金属表面的吸附 ;结束