MRIcron、SPM5、xjView的安装和介绍,用SPM5进行预处理、个体统计和群体统计.docVIP

——————————————————————————————————————————————— MRIcron、SPM5、xjView的安装和介绍,用SPM5进行预处理、个体统计和群体统计 Lab1 常用数据处理软件的安装和介绍 实验内容 z Matlab 7.1介绍 ?? 主界面 ?? 基本命令 z SPM5安装以及界面，功能介绍 ?? 安装 ?? 界面 ?? 大致功能 z MRIcron ?? 安装 ?? 图像显示 ?? DICOM数据格式转换 所需软件 1. Matlab (version: 7.1 R14) 2. SPM5 (updates_958) 3. MRIcron (version: beta 7) Matlab 7.1介绍 1. Matlab主界面 在所有实验中，我们都将使用Matlab 7.1软件包 (The MathWorks, Inc.)。在安装完毕后，双击快捷方式图标打开Matlab。点击Matlab窗口上方的View菜单，勾选Command Window, Command History, Current Directory和Workspace。这时，Matlab将呈现四个子窗口： 1) Command Window：位于右下方。即指令窗口，是键入指令的地方，也是Matlab显示计算结果的地方； 2) Command History：位于左下方。即历史命令窗口，存放历史输入命令； 3) Current Directory：位于左上方。即当前工作目录，显示当前目录下的文件信息； 4) Workspace：位于右上方。即工作空间，存放变量在内存中。 Fig.1就是Matlab的标准工作界面，上述四个子窗口可以自由拖动改变位置。 Fig.1 Matlab 7.1的主界面 此时，Matlab处于准备接受命令的状态，可以在命令窗口（右下方的子窗口）中直接输入命令语句。 2. Matlab基本命令 1. 设置当前工作路径 (current directory) 1) 在Windows下建立一个新文件夹，如： D:\work\dicom_convert\ 2) 在Matlab的指令窗口中键入： cd ‘D:\work\dicom_convert\’ 这样，就将Matlab“pwd”，然后回车 3) 在Matlab的指令窗口中键入： 4) 这时，Matlab的指令窗口中显示出当前工作路径信息： ans = D:\work\dicom_convert\ 2. 添加搜索路径 (set path) 1) 点击Matlab最上方的“File”菜单，在下拉菜单中选择“Set Path” ，浏览并点选目标文件夹 2) 在弹出的路径设置窗口中选择“Add with Subfolders” （如Fig.2所示），然后点“确定” 3) 点击“Save”按钮 4) 检查该路径是否添加到右侧的搜索路径列表中 5) 点击“Close”按钮 Fig.2 添加搜索路径 3. 其他常用命令及功能 1) 2) 3) 4) 5) load 载入变量到内存 clear 清除内存中所有的变量 clc 清屏 exit 退出Matlab helpwin 打开帮助窗口 SPM5介绍和安装 SPM5是一款功能强大的神经影像计算软件，由Wellcome Department of Imaging Neuroscience小组开发，可以对PET, EEG, fMRI等图像进行处理。对fMRI数据的处理可以由预处理，个体统计分析，组分析来实现。将SPM5程序解压缩后，得到一个名为“spm5”的文件夹，文件夹里含有若干子文件夹和许多文件。假设这个文件夹在“D:\spm5”目录下，下面介绍如何安装及打开SPM5。 1. 打开Matlab7.1，将SPM5所在目录“D:\spm5”加入到Matlab的搜索路 径中（利用“添加搜索路径”所示的方法，将spm5及其所有子文件夹添加到Matlab的搜索路径中）； 2. 在Matlab指令窗口中输入“spm fmri”，会出现三个窗口； 3. 屏幕左上方的窗口是SPM5的按钮窗口，如图Fig.3： Fig