Smith-Waterman算法OpenMP并行化.pdfVIP

％-t-算机 应 用 程自动化技术与应用》2010年第29卷第1期 ComputerApplications Smith．Waterman算法OpenMP并行化 张 瑜 。王继东 (西北师范大学 计算机科学与技术系，甘肃 兰州 730070) 摘 要：基因比对可以实现对诲量生物信息的分析和处理 ， ~Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高，但是处理速度慢。 本文利用共享存储编程的工业标准OpenMPX；~Smith—Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU~gSMP 节点上的测试表明，共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40％。 关键字：OpenMP{Smith Waterman算法；并行编程 中图分类号：TP312 文献标识码 ：A 文章编号：1003～7241(2010)01—0037—04 OpenmpParallelizationofSm_th—WatermanAlgorithm ZHANGYu，WANGji-dong (DeparrnentofComputerScienceandTechnology,NorthwestNormalUniversity,Lanzhou730070China) Abstract：Thepair—wisebiologicalsequencealignmentCallprocessandanalysesalargenumberofbioinformatics．TheSmith— Watermanalgorithm ，whichisoneofthemostwidelyusedalgorithms，hashighprecisionincomparison，yetitsspeedis slowerthanothers．Inthispaper，theOpenMP isusedtoparallelizeSmith—W atermanalgorithm，andthetestonaSM P nodewithfourCPUs(dual—core)showsthatthespeedishigheralmost40percentcomparedwiththeoriginalsequential program ． Keywords：OpenM P；Smith—W atermanalgorithm ；parallelprogamming 1 引言 法。本文按照Qiao的分块流水并行的思想，对局部比对 目前的基 因序列信息增长迅速 ，高速的序列 比对有 算法Smith—Waterman算法进行分块行流水的方式进行 助于生学家研究DNA结构、功能，促进人类生物医学、 OpenMP并行化，来提高它的速度，同时也减少了内存的 生命科学等领域的发展 。在寻找基 因序列最佳相似 比 需求量 。 对的算法 中有两种算法使用较为广泛 ：BLAST算法和 Smith—Waterman[11算法。BLAST算法的运行速度要比 2 0DenMP Smith-Waterman算法快，但是Smith-Watemr an要 比 OpenMP[5】标准是共享存储体系结构上的一个编程 BLAST算法更为精确，可以实现最佳的局部比对。可是 模型。共享式存储的并行化具有编程简单、灵活的特 该算法的时间复杂度和空间复杂度都是 (TLxNL)，于是人 点，开发周期较短 ，并行效率较高。1997年 ，计算机软硬 们提出了很多改进方法。Pearsonp】等采用启发式方法 ， 件厂商联合定义了共享 内存编程应用接 口的工业标准 以牺牲结果的质量为代价提高了计算的性能；Adam和 协议OpenMP，克服了长期以来并行解决方案的可移植 Douglas提出了两种Smith—Watemr an并行