第十章DNAman使用方法精要.ppt

DNAMAN 使用方法 1． 待分析序列装入Channel ; 2．以不同形式显示序列; 3．DNA序列的限制性酶切位点分析; 4．DNA序列比对分析; 5．序列同源性分析; 6. PCR引物设计; 7．质粒模式图绘制. DNAMAN 使用方法 DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面： 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单. 第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间。 DNAMAN分析序列。 1．将待分析序列装入Channel （１）通过File/Open命令打开待分析序列文件，序列被自动装入默认Channel。 （２）通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。 2．以不同形式显示序列 通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如图所示： 对话框选项说明如下： Sequence Composition： 显示序列和组成成分 Reverse Complement Sequence ：显示序列的反向互补序列 Reverse Sequence ：显示序列的反向序列 Complement Sequence ：显示序列的互补序列 Double Stranded Sequence ：显示序列的双链序列 RNA Sequence ：显示序列的对应RNA序列 3．DNA序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示： 参数说明如下： Results 分析结果显示： Show summary：显示概要， Show sites on sequence：在结果中显示酶切位点 Draw restriction map：显示限制性酶切图， Draw restriction pattern：显示限制性酶切模式图 Ignore enzymes with more than：忽略大于某设定值的酶切位点 Ignore enzymes with less than：忽略小于某设定值的酶切位点 Target DNA ：目标DNA特性 Circular：环型DNA， dam/dcm methylation：dam/dcm甲基化 all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析） 选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框： Enzyme ：代表enzyme data file，两个默认选项：restrict.enz和dnamane.enz，其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。 要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击 按钮出现下列对话框： 按钮出现下列对话框： 输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中包括Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况，在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击 按钮执行操作。 4．DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision） 要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comp