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蛋白质组学 1.前言、定义（燕萍） 2.研究策略和基础（秀华） 3.研究内容（结瓜） 4.研究意义和背景（文娜） 5.研究技术（丽明） 6.双向电泳（铭杰） 7.SDS-聚凝胶电泳技术（百忍） 8.发展回顾（克标） 20世纪中期以来，随着DNA双螺旋结构的提出和蛋白质空间结构的X射线解析，开始了分子生物学时代，对遗传信息载体DNA和生命功能的主要体现者蛋白质的研究，成为生命科学研究的主要内容。 在这样的形势下，科学家们认为，生命科学已经入了后基因组时代。 在后基因组时代，生物学家们的研究重心已经从解释生命的所有遗传信息转移到在整体水平上对生物功能的研究。这种转向的第一个标志就是产生了一门成为功能基因组学（Functional Genomics）的新学科。它采用一些新的技术，如SAGE、DNA芯片，对成千上万的基因表达进行分析和比较，力图从基因组整体水平上对基因的活动规律进行阐述。 蛋白质组是指“由一个细胞或一个组织的基因组所表达的全部相应的蛋白质”。测定一个有机体的基因组所表达的全部蛋白质的设想，萌发在1975年双向凝胶电泳发明之时。1994年Williams正式提出了这个问题，而“蛋白质组”的名词则是由Wilkins创造的，发表在1995年7月的Electrophoresis杂志上。 蛋白质组与基因组相对应，但二者又有根本不同之处：一个有机体只有一个确定的基因组，组成该有机体的所有不同细胞都共享用一个确定的基因组；而蛋白质组则是一个动态的概念，她不仅在同一个机体的不同组织和细胞中不同，在同一机体的不同发育阶段，在不同的生理状态下，乃至在不同的外界环境下都是不同的。 基因DNA的序列并不能提供这些信息，再加上由于基因剪接，蛋白质翻译后修饰和蛋白质剪接，基因遗传信息的表现规律就更加复杂，不再是经典的一个基因一个蛋白的对应关系，一个基因可以表达的蛋白质数目可能远大于一。 蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。 定义1：阐明生物体各种生物基因组在细胞中表达的全部蛋白质的表达模式及功能模式的学科。包括鉴定蛋白质的表达、存在方式(修饰形式)、结构、功能和相互作用等。 定义2：研究基因组编码的全部蛋白质的结构、性质和功能的学科。 定义4： 结构蛋白质组学又称组成蛋白质组学，这是一种针对有基因组或转录组数据库的生物体或组织、细胞，建立其蛋白质或亚蛋白质组(或蛋白质表达谱)及其蛋白质组连锁群的一种全景式的蛋白组学研究，从而获得对有机体生命活动的全景式认识。 蛋白质组学 研究策略 研究基础 蛋白质组学研究策略 依赖于分离的研究策略 不依赖于分离的研究策略 1.依赖于分离的研究策略  液相色谱/毛细管电泳 液相色谱：高效液相色谱 优点：容易实现自动化，且快速，重复性高，灵敏度高 缺点：与质谱对接困难（将分离的蛋白移入质谱时易丢失和交叉污染） 2.不依赖于分离的研究策略 依赖分离的技术局限在于：需要较多样品；需要多步操作 不依赖分离的技术可以减少分析需要样品的量 主要包括： 1）蛋白质芯片 2）蛋白质识别分子 蛋白质芯片 蛋白质芯片关键：空间上固定能严格识别单一蛋白成分的分子（蛋白质识别分子） 具备检测单一蛋白成分与其识别分子间相互作用的方法 蛋白质识别分子 ? 抗体：最明显，最有效 要求：高度特异，甚至可以区分修饰前后的蛋白分子 噬菌体显示技术 分子印迹聚合物：人造识别位点模仿通过形状起作用的生化位点，如抗原－抗体作用，酶－底物作 用，受体－配体作用 研究基础 生命功能的主要执行者和直接体现者：蛋白质 基因组计划的局限性 基因组计划的成就与要求 蛋白质组研究自身发展的需求和研究技 术的突破 基因组计划的局限性1 ? 基因序列本身的局限性，并不是所有基因同时表达，而是根据环境和生理状况而定，即使知道全序列也 不能完全清楚表达状况。 ? 基因产物何时被翻译，是否被翻译 不清楚 ? 基因产物被翻译的量是多少 不清楚 ? 翻译后修饰的程度 不清楚 ? 基因表达的结果如何 不清楚 ? 基因相对应的表型 不清楚 基因组计划的局限性2 ? 尽管通常情况下mRNA表达丰度决定了对应的蛋白质量，但是不能仅仅以mRNA的数据为基础预测蛋白质表达水平。 例如，对数生长期的啤酒酵母，同样mRNA产生的蛋白质量不同； ? 蛋白质动态修饰和加工并非必须取决于基因序列，许多调节是在蛋白质的结构域中发生。 例如蛋白质转录后的糖基化，磷酸化等作用，以及许多蛋