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4. 蛋白质的三维结构 P197 第5章 蛋白质三维结构由氨基酸序列决定，且符合热力学能量最低要求，与溶剂和环境有关。① 主链基团之间形成氢键。② 暴露在溶剂中（水）的疏水基团最少。③ 多肽链与环境水（必须水）形成氢键。 研究蛋白质构象的方法 （1）X-射线衍射法：是目前最明确揭示蛋白质大多数原子空间位置的方法，为研究蛋白质三维结构最主要的方法。 步骤为：蛋白质分离、提纯→单晶培养→晶体学初步鉴定→衍生数据收集→结晶解析→结构精修→结构表达。 （2）其他方法：NMR、紫外差光谱、荧光和荧光偏振、圆二色性、二维结晶三维重构。 稳定蛋白质三维结构的作用力 弱相互作用（或称非共价键，或次级键） 1. 氢键 2. 疏水作用（熵效应） 3. 范德华力 4. 离子键（盐键） 共价二硫键 酰胺平面和二面角 P 205 图5-11 酰胺平面（肽平面）：肽键上的四个原子和相连的Cα1和Cα2所在的平面。 两面角：每个氨基酸有三个键参与多肽主链，一个肽键具有双键性质不易旋转，另两个键一个为Cα1与羰基形成的单键，可自由旋转，角度称为ψ，另一个为NH与Cα2形成的单键也可自由旋转，角度称为φ，ψ和φ称为二面角或构象角，原则上可取-1800~+1800之间任意值（实际受立体化学和热力学因素所限制），肽链构象可用两面角ψ和φ来描述，由ψ和φ值可确定多肽主链构象。 （四）二级结构 P207 多肽链折叠的规则方式，是能量平衡和熵效应的结果。主链折叠由氢键维持（主要），疏水基团在分子内，亲水基团在分子表面。 常见的二级结构元件：α-螺旋，β-折叠片，β-转角和无规卷曲。 α-helix：蛋白质含量最丰富的二级结构。 肽链主链围绕中心轴盘绕成螺旋状紧密卷曲的棒状结构，称为α-螺旋。 两面角 ψ和φ分别在-570和-470附近（φ：从Cα向N看，顺时针旋转为正，逆时针为负；ψ：从Cα向羰基看，顺时针为正，逆时针为负。） 每圈螺旋含约3.6个氨基酸残基，由H键封闭的环中原子数为13，此种α-螺旋又称3.613-螺旋，每周螺距为0.54nm，R基均在螺旋外侧，P208 图5-14。 α-螺旋本身是一个偶极矩，N-末端带部分正电荷，C-末端积累部分负电荷；α-螺旋几乎都是右手螺旋而有手性，并有旋光性，可用圆二色性（CD）光谱研究。 影响α-螺旋形成的因素：R基小且不带电荷，易形成α-螺旋。 如Poly Lys在PH7时，R基带正电荷，静电排斥，不易形成α-螺旋，但若PH=12，消除R基正电荷可形成α-螺旋。 Poly Ile由于R基大，虽不带电也不易形成。 Pro由于无酰胺H，不能形成链内氢键，所以当Pro和羟脯氨酸存在时，α-螺旋中断，产生一个结节。 β-折叠片：第二种常见的二级结构 两条或多条相当伸展的多肽链侧向通过氢键形成的折叠片状结构，如P210 图5-17。 肽链主链呈锯齿状，肽链长轴互相平行。 氢键：在不同的肽链间或同一肽链的不同肽段间形成，氢键与肽链长轴接近垂直。 R基：交替分布在片层平面两侧。 有两种类型：平行结构（相邻肽链同向）和反平行结构（相邻肽链反向），见P210图5-18。 β-转角和β-凸起 β-转角是球状蛋白的一种简单的二级结构元件。为第一个氨基酸残基的羰基与第四个残基的N-H氢键键合，形成一紧密的环在肽链回折或弯曲时形成，使多肽链出现1800急剧回折，见P211 图5-19。 β-转角处Gly和Pro出现几率很高。 β-凸起：是在β-折叠股中额外插入一个残基，凸起股产生小弯曲（P212图5-20），可引起肽链方向稍有改变。 无规卷曲：泛指那些不能归入明确的二级结构的多肽区段，实际上不是完全无规，而是像其他二级结构那样具有明确而稳定的结构。常构成酶的活性部位和蛋白质的功能部位。 （五）超二级结构 若干相邻的二级结构单元彼此相互作用，形成种类不多、有规则的二级结构组合或二级结构串，在多种蛋白质中充当三级结构的构件，如P221 图5-29所示，有αα，βαβ等。 （六）结构域 多肽链在二级结构或超二级结构基础上形成的三级结构（局部折叠区），是相对独立的紧密球状实体，称为结构域或域，是球状蛋白质的独立折叠单位。 对于较小的球状蛋白质分子或亚基，结构域就是三级结构；对于较大的球状蛋白之或亚基，其三级结构往往由两个或多个结构域缔合而成，为多结构域。 结构域形成再缔合成三级结构动力学更为合理，特定三维排布的结构域形成，有利于结构域之间活性中心的形成，结构域之间的柔性肽链形成的铰链区有利于活性中心与底物结合，以及别构中心结