基因组学课件9功能基因组学.ppt

功能基因组学 中英联合实验室 功能基因组学 功能基因组学，后基因组学(Post genomics)： 利用结构基因组学提供的信息和产物 通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能 生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转向对多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。 功能基因组学的目的 基因功能发现 基因表达分析及突变检测 从基因组整体水平上对基因的活动规律进行阐述。 采用一些新的技术（SAGE、DNA芯片），对成千上万的基因表达进行分析和比较 功能基因组学简介 基因组DNA测序： 人类对自身基因组认识的第一步。 功能基因组学： 从基因组信息与外界环境相互作用的高度，阐明基因组的功能。 功能基因组学的研究内容： 人类基因组 DNA 序列变异性研究 基因组调控的研究 模式生物体表达的研究 生物信息学 功能基因组学的研究内容 基因的识别 估计基因的功能 基因功能的确定 基因的识别 预测基因组的全部编码区或称开放阅读框架，目前基因组功能注释的一个主要方面。 一是评估未知DNA 片段编码可能性的概率型方法，另一类是通过同源性比较搜寻蛋白质库 / dbEST 库找寻编码区。 研究表明：鉴定和发现表达基因最快的途径是确定cDNA 的部分序列，即EST ，这种序列在大多数情况下已足够用于确认对应的基因。 基因的识别 EST 策略：一种快速有效地在一个基因组中抽样获取有效基因序列的方法。 特点：可以用一个未知功能的cDNA, 确定一个短的DNA序列如300～400bp,而后，这些短的序列可以用作标签去检索已知的数据库确定一个特异的基因。 表达序列标签(expressed sequence tag，EST) 鉴定和发现表达基因的最快途径 随机挑选的cDNA克隆进行一端或二端长为300～500pb的测序，这种序列在大多数情况下已足够确认对应的基因 通常从已有的cDNA文库中随机取出几百或几千个克隆，1次测序产生。 只含有基因的外显子，cDNA克隆的测序分析可以了解基因的表达情况 EST的数目可以提示它所代表的基因表达的拷贝数。一个基因在组织中表达的次数越多，其相应的EST也越多。 EST应用 目前主要被用于寻找新基因和了解基因的表达概况 步骤如下: 建立某种生物材料或组织的cDNA文库，从文库中随机取出足够量的cDNA克隆进行自动测序，将所得的EST数据与dbEST等数据库的数据比较,确定哪些代表已知基因，哪些代表未知基因，进一步分析全部EST以获得生物或组织的基因表达概况，并深入研究未知基因 用EST和cDNA序列与己知的DNA序列进行序列相似性比较,可以确定很多基因的内含子位置 EST还被用来确定编码区的边界，分析基因组的转录图谱 结合酵母双杂交系统，进行蛋白质互作研究 估计基因的功能（以小麦基因组为例） 确定基因的功能毫无疑问仍然是小麦基因组学最大的挑战 ，许多假设的方法正在被用来推测基因功能。 估计基因的功能（以小麦基因组为例） 第一步，确立小麦EST 或基因组克隆与其它植物假定的定向进化同源基因的同源性。如果在其它植物中一个基因的功能已知，那就表示小麦EST 具有相似的功能。 第二步，在作图群体中EST 与相关表型的连锁，高密度图谱可以用来提高连锁假设的力度，然而小麦基因组中重组频率高的区域和重组频率低的区域呈非随机分布，且小麦单一位点上存在多基因家族，限制了通过连锁进行候选基因的分析。 估计基因的功能（以小麦基因组为例） 高分辨率双向蛋白质电泳和外源表达体系：提供一种补充小麦功能基因组学研究的蛋白质组学方法 改进的微阵列方法和蛋白质组学研究方法：确定可能影响到小麦淀粉A 颗粒和B 颗粒的特异起始和合成的新基因。 基因功能的确定（以小麦基因组为例） 功能互补实验 引起植物表型变异的特异性突变体的研究 大多数用于基因发现的精密体系，像模式植物中的增强子、启动子和基因陷阱，都要依靠高度有效的转化体系。 基因功能的确定（以小麦基因组为例） 高效转化体系的获得是存在于小麦基因功能证实阶段的一个主要障碍。 目前小麦转化效率的平均值范围在0.1%～5% 之间，太低的转化率不能用于发展一种建立在转化基础上的基因标签体系。 在把玉米的Ac/Ds转座单元转入小麦愈伤组织方面作了一些尝试。玉米的Ac/Ds因子在转基因小麦愈伤组织中的激活和解离已经得到证实，与在其它植物中的观察结果相同。 Ac/Ds转座酶的高水平转录导致了切除频率的下降，因此随着小麦转化和再生