Alliance of Proteomics and Genomics to Unravel the Specificities of Sahara Bacterium Deinococcus deserti 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Alliance of Proteomics and Genomics to Unravel the Specificities of Sahara Bacterium Deinococcus deserti 英文参考文献

AllianceofProteomicsandGenomicstoUnravelthe SpecificitiesofSaharaBacteriumDeinococcusdeserti ArjandeGroot1,2,3*,Re′miDulermo1,2,3,PhilippeOrtet1,2,3,LaurenceBlanchard1,2,3,PhilippeGue′rin4, BernardFernandez4,BenoitVacherie5,CaroleDossat5,EdmondJolivet6,PatriciaSiguier7 ,Michael Chandler7,MohamedBarakat1,2,3,AlainDedieu4,Vale′rieBarbe5,ThierryHeulin1,2,3,SuzanneSommer6, WafaAchouak1,2,3,JeanArmengaud4 1CEA,DSV,IBEB,Laboratory ofMicrobialEcology oftheRhizosphere andExtremeEnvironments(LEMiRE), Saint-Paul-lez-Durance, France, 2CNRS, UMR6191, Biologie Vegetale et Microbiologie Environnementales, Saint-Paul-lez-Durance, France, 3Aix-Marseille Universite′, Saint-Paul-lez-Durance, France, 4CEA, DSV, IBEB, Lab Biochim SystemPerturb,Bagnols-sur-Ce`ze,France,5CEA,InstitutdeGe′nomique,Ge′noscope,EvryCedex,France,6Universite′Paris-Sud11,CNRSUMR8621,CEALRC42V,Institutde Ge′ne′tiqueetMicrobiologie,Universite′ ParisSud,OrsayCedex,France,7LaboratoiredeMicrobiologieetGe′ne′tiqueMole′culaire,CNRSUMR5100,ToulouseCedex,France Abstract Tobetterunderstandadaptationtoharshconditionsencounteredinhotariddeserts,wereportthefirstcompletegenome sequenceandproteomeanalysisofabacterium,DeinococcusdesertiVCD115,isolatedfromSaharasurfacesand.Itsgenome consists of a 2.8-Mb chromosome and three large plasmids of 324kb, 314kb, and 396kb. Accurate primary genome annotationofits3,455geneswasguidedbyextensiveproteomeshotgunanalysis.FromthelargecorpusofMS/MSspectra recorded,1,348proteinswereuncoveredandsemiquantifiedbyspectralcounting.Amongthehighlydetectedproteinsare several orphans and Deinococcus-specific proteins of unknown function. The alliance of proteomics and genomics high- throughput techniques allowed identification of 15 unpredicted genes and, surprisingly, reversal of incorrectly predicted orientation of 11 genes. Reversal of orientation of two Deinococcus-specific radiation-induced genes, ddrC and ddrH , and identificationinD.desertiofsupplementarygenesinvolvedinmanganeseimportexten