Analysis of Candidate Colitis Genes in the Gdac1 Locus of Mice Deficient in Glutathione Peroxidase-1 and -2 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Analysis of Candidate Colitis Genes in the Gdac1 Locus of Mice Deficient in Glutathione Peroxidase-1 and -2 英文参考文献.doc

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Analysis of Candidate Colitis Genes in the Gdac1 Locus of Mice Deficient in Glutathione Peroxidase-1 and -2 英文参考文献

AnalysisofCandidateColitisGenesintheGdac1Locusof MiceDeficientinGlutathionePeroxidase-1and-2 R.StevenEsworthy1,Byung-WookKim1,GuillermoE.Rivas2,ThomasL.Leto3,JamesH.Doroshow4, Fong-FongChu1* 1DepartmentofRadiationBiology,BeckmanResearchInstituteofCityofHope,Duarte,California,UnitedStatesofAmerica,2MolecularMedicine,BeckmanResearch Institute of City of Hope, Duarte, California, United States of America, 3Laboratory of Host Defenses, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National InstitutesofHealth,Rockville,Maryland,UnitedStatesofAmerica,4NationalCancerInstitute,NationalInstitutesofHealth,Bethesda,Maryland,UnitedStatesofAmerica Abstract Background:Micethataredeficientforglutathioneperoxidases1and2(GPX)showlargevariationsinthepenetranceand severityofcolitisinC57BL/6Jand129S1/SvImJbackgrounds.Wemappedalocuscontributingtothisdifferencetodistal chromosome2(,119–133mbp)andnameditglutathioneperoxidase-deficiency-associatedcolitis1(Gdac1).Theaimofthis studywastoidentifythebestgenecandidateswithintheGdac1locuscontributingtothemurinecolitisphenotype. Method/PrincipalFindings:WerefinedtheboundariesofGdac1to118–125mbp(95%confidenceinterval)byincreasing samplesizeandmarkerdensityacrosstheinterval.Thenarrowedregioncontains128well-annotatedproteincodinggenes butitexcludesFermt1,ahumaninflammatoryboweldiseasecandidatethatwaswithintheoriginalboundariesofGdac1. ThelocusweidentifiedmaybetheCdcs3locusmappedbyothersstudyingIL10-knockoutmice.Usinginsilicoanalysisof the128genes,basedonpublishedcolonexpressiondata,therelevanceofpathwaystocolitis,genemutations,presenceof non-synonymous-single-nucleotidepolymorphisms(nsSNPs)andwhetherthensSNPsarepredictedtohaveanimpacton proteinfunctionorexpression,weexcluded42genes.Basedonasimilaranalysis,twenty-fivegenesfromtheremaining86 geneswereanalyzedforexpression-quantitative-traitloci,andanother15geneswereexcluded. Conclusion/Significance:Amongtheremaining10genes,weidentifiedPla2g4fandDuox2asthemostlikelycolitisgene candidates, beca