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华中农业大学生物信息学讲义.pdf

生物信息学 2005 生物信息学王石平 (华中农业大学生命科学技术学院) 2005.2.23 04/bio-informatics.files/bio-infor.htm www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.htm 一、数据库 1．核苷酸数据库一般与 Accession NO.相同 10 位数：早期（ GenBank 、EMBL 、DDBJ （在使用方法和连接的数据库上有差异，但数据量相同。） 8 位数：现今注：氨基酸序列是非试验来源，为推倒的结果。使用时要谨慎！！！！） 6 位型：属＋种＋X12345 （1）GenBank（NCBI）数据解释。 / 8 位型：与AC 相同每条序列的 3 种编号物种类型（identifier） 1.位点名（基本无意义）定义（描述） 2.注册号 6 位（X12345 ）或 8 位数字版本 X.Y （XY123456）；例外：自编号（一般 3.Geninfor 为基因组序列） identif ier（GI号）注： NID(Nucleotide ID） 1999.12 取消，改用 GI 号。序列的数据可以更改，GI 号、 NID 号变化，但 AC 号不变。最后一条 Reference 为序列提交者的文章。可以知道这一基因的研究历史，便于研究。 Coding sequence 谨慎使用！！！！注：Display 中选 FASTA 形式，显示原始的核苷酸数据，便于复制。 - 1 - 生物信息学 2005 （2）dbEST EST 来源于 mRNA －基因片度（300-400bp，数据长度足以分析编码的产物）或者全基因（已知）－5’端或 3’端的 cDNA 序列