Prediction of Mutational Tolerance in HIV-1 Protease and Reverse Transcriptase Using Flexible Backbone Protein Design 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Prediction of Mutational Tolerance in HIV-1 Protease and Reverse Transcriptase Using Flexible Backbone Protein Design 英文参考文献.doc

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Prediction of Mutational Tolerance in HIV-1 Protease and Reverse Transcriptase Using Flexible Backbone Protein Design 英文参考文献

PredictionofMutationalToleranceinHIV-1Proteaseand ReverseTranscriptaseUsingFlexibleBackboneProtein Design ElisabethHumphris-Narayanan1.¤,EyalAkiva2,3.,RoccoVarela4,ShaneO′ Conchu′ir2,3, TanjaKortemme1,2,3,4 * 1GraduateGroupinBiophysics,UniversityofCalifornia,SanFrancisco,SanFrancisco,California,UnitedStatesofAmerica,2CaliforniaInstituteforQuantitativeBiomedical Research,UniversityofCalifornia,SanFrancisco,SanFrancisco,California,UnitedStatesofAmerica,3DepartmentofBioengineeringandTherapeuticSciences,University ofCalifornia,SanFrancisco,SanFrancisco,California,UnitedStatesofAmerica,4GraduatePrograminBioinformatics,UniversityofCalifornia,SanFrancisco,SanFrancisco, California,UnitedStatesofAmerica Abstract Predictingwhichmutationsproteinstoleratewhilemaintainingtheirstructureandfunctionhasimportantapplicationsfor modelingfundamentalpropertiesofproteinsandtheirevolution;italsodrivesprogressinproteindesign.Herewedevelopa computationalmodeltopredictthetoleratedsequencespaceofHIV-1proteasereachablebysinglemutations.Weassessthe model by comparison to the observed variability in more than 50,000 HIV-1 protease sequences, one of the most comprehensivedatasetsontoleratedsequencespace.Wethenextendthemodeltoasecondprotein,reversetranscriptase. The model integrates multiple structural and functional constraints acting on a protein and uses ensembles of protein conformations.Wefindthemodelcorrectlycapturesaconsiderablefractionofproteaseandreverse-transcriptasemutational toleranceandshowscomparableaccuracyusingeitherexperimentallydeterminedorcomputationallygeneratedstructural ensembles.Predictionsoftoleratedsequencespaceaffordedbythemodelprovideinsightsintostability-functiontradeoffsin theemergenceofresistancemutationsandintostrengthsandlimitationsofthecomputationalmodel. ′ Citation: Humphris-Narayanan E, Akiva E, Varela R, O Conchuir S, Kortemme T (2012) Prediction of Mutational Tolerance in HIV-1 Protease and Reverse ′ TranscriptaseUsingFlexibleBackboneProteinDesign.PLoSCompu