Preferentially Quantized Linker DNA Lengths in Saccharomyces cerevisiae 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Preferentially Quantized Linker DNA Lengths in Saccharomyces cerevisiae 英文参考文献

PreferentiallyQuantizedLinkerDNALengthsin Saccharomycescerevisiae Ji-PingWang1*,YvonneFondufe-Mittendorf2,3,LiqunXi1,Guei-FengTsai4,EranSegal5 ,Jonathan Widom2,3 * 1Department of Statistics, Northwestern University, Evanston, Illinois, United States of America, 2Department of Biochemistry, Molecular Biology and Cell Biology, NorthwesternUniversity,Evanston,Illinois,UnitedStatesofAmerica,3DepartmentofChemistry,NorthwesternUniversity,Evanston,Illinois,UnitedStatesofAmerica, 4CenterforDrugEvaluation,Taipei,Taiwan,RepublicofChina,5DepartmentofComputerScienceandAppliedMathematics,WeizmannInstituteofScience,Rehovot, Israel Abstract The exact lengths of linker DNAs connecting adjacent nucleosomes specify the intrinsic three-dimensional structures of eukaryoticchromatinfibers.SomestudiessuggestthatlinkerDNAlengthspreferentiallyoccuratcertainquantizedvalues, differingonefromanotherbyintegralmultiplesoftheDNAhelicalrepeat,,10bp;however,studiesintheliteratureare inconsistent.Here,weinvestigatelinkerDNAlengthdistributionsintheyeastSaccharomycescerevisiaegenome,usingtwo novelmethods:aFourieranalysisofgenomicdinucleotideperiodicitiesadjacenttoexperimentallymappednucleosomes andadurationhiddenMarkovmodelappliedtoexperimentallydefineddinucleosomes.Bothmethodsrevealthatlinker DNAlengthsinyeastarepreferentiallyperiodicattheDNAhelicalrepeat(,10bp),obeyingtheforms10n+5bp(integern). This10bpperiodicityimpliesanorderedsuperhelicalintrinsicstructurefortheaveragechromatinfiberinyeast. Citation: WangJ-P,Fondufe-MittendorfY,XiL,TsaiG-F,SegalE,etal.(2008)PreferentiallyQuantizedLinkerDNALengthsin Saccharomycescerevisiae .PLoS ComputBiol4(9):e1000175.doi:10.1371/journal.pcbi.1000175 Editor:GaryStormo,WashingtonUniversity,UnitedStatesofAmerica ReceivedApril18,2008;AcceptedAugust1,2008;PublishedSeptember12,2008 Copyright: ? 2008 Wang et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricteduse,distribution