RxnFinder生物合成设计技术示范报告.PDFVIP

RxnFinder 生物合成设计技术示范报告 香兰素细胞工厂创建初步设计报告 数天时间即可完成一个化学品、天然产物等的生物合成现状、新反应、新酶、 新途径、新菌株设计，每个环节还可进一步细化优化分析。 本报告包含如下的内容目录： 1. 给定生物合成目标化合物的生物合成现状 2. 查询目标化合物包含的重要分子片段的生物合成现状 3. 设计从葡萄糖到目标化合物的合成途径 4. 根据反应规则拆分目标化合物设计新反应 5. 发现酶来催化设计的反应步骤 6. 全细胞网络模型的构建与优化 1.给定生物合成目标化合物的生物合成现状 输入信息：vanillin (分子名称) RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 名称Keywords 搜索 查询结果：该化合物参与了20 个生化反应，下面列出部分反应 2.查询目标化合物包含的重要分子片段的生物合成现状 输入信息：C(=O)c1ccc(O)c(O)c1 （分子片段结构） RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 分子骨架Fragment 搜索 查询结果：187 个反应含有该输入的分子片段 反应例子 3.设计从葡萄糖到目标化合物的合成途径 输入信息：葡萄糖和目标化合物 RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 途径搜索Router 输出结果： 21 条需要生物合成途径 （下面给出1 条，每个 反应步骤都有有关的实验文献支撑！） 4.根据反应规则拆分目标化合物设计新反应 输入信息：C(=O)c1ccc(O)c(O)c1COc1cc(C=O)ccc1O （最简单 的输入信息（给出底物和产物），仅供参考。温馨提示：把整个反 应式写全得到的结果更好！这个功能强烈需要专家生物背景知识 的信息！） RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 新反应搜索RxnSim 输出结果：50 条相似的生物合成反应 （下面给出前面10 条 的名称，每个反应步骤都有有关的实验文献支撑！）这些反应 对应的主要是羟基上面的甲基化反应。假如是一个完整的反 应，会得到的结果更好，在此只给出最简单快捷的方法，详 细完整的信息，请咨询service@。 5.发现酶来催化设计的反应步骤 输入信息：C(=O)c1ccc(O)c(O)c1COc1cc(C=O)ccc1O （最简单 的输入信息（给出底物和产物），仅供参考。温馨提示：把整个反 应式写全得到的结果更好！这个功能强烈需要专家生物背景知识 的信息！） RxnFinder 软件 功能模块：RxnFinder 新酶 发现工具 ECAssignment (ECer,ECDiversity) 输出结果：排名前面50 条的反应对应的酶。因为计算参数 中输入的是一个底物和一个生成物，给出的不是完整反应， 因而计算得到的近似反应的相似性都不是很高 （这个例子最 高的只有0.596），一般相似性在0.8 以上较好。假如是一个 完整的反应，会得到的结果更好，在此只给出最简单快捷的 方法，详细完整的信息，请咨询service@。 UniProtKB Enzyme Link: UniProtKB 2.1.1.- BRENDA Enzyme Link: BRENDA 2.1.1.- KEGG Enzyme Link: KEGG2.1.1.- BioCyc Enzyme Link: BioCyc 2.1.1.- ExPASy Enzyme Link: ExPASy2.1.1.- EC2PDB Enzyme Link: EC2PDB 2.1.1.- ExplorEnz Enzyme Link: ExplorEnz 2.1.1.- PRIAM enzyme-specific profiles Enzyme Link: PRIAM 2.1.1.- IntEnz Enzyme Link: IntEnz 2.1.1.- MEDLINE Enzyme Link: MEDLINE 2.1.1.- 6. 全细胞网络模型的构建与优化 输入信息： RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 菌株设计功能EcoSynther 输出结果： 23 条基于代谢网络优化的外源途径 给出的其中一条外源途径：