蛋白质组学结课论文.docVIP

学号： 生命工程学院 课程论文 （ 2015 — 2016 学年 第一学期） 课程名称： 微生物蛋白质组学 论文题目： 微生物蛋白质组学的应用 专 业： 生物工程 班 级： 一班 姓 名： 詹佳鹏 授课教师： 马爽 论文成绩： 沈阳工学院教务处编印 微生物蛋白质组学的应用 质谱蛋白质组学在微生物鉴定中的应用 ???????? 微生物传统的鉴定方法是建立在微生物的形态学、生态学、细胞生理和生化以及基因的基础上的，自20世纪80～90年代以来，微生物鉴定系统不断发展，自动化程度不断提高，但也是建立在传统的生理生化和基因基础上。无论是微生物鉴定的传统技术还是基于传统的生理生化和基因基础上的自动化仪器技术，它们均需要经过培养繁殖、分离纯化等步骤，然后再根据表型和基因型来进行鉴定，但是由于微生物群落及其生存环境的复杂性，目前自然界中只有极少部分微生物能够在实验室中培养，这严重阻碍了对微生物验明身份即鉴定的研究，也严重阻碍了对微生物生命活动规律的研究和微生物资源的开发。 ???????? 微生物传统的鉴定方法是建立在微生物的形态学、生态学、细胞生理和生化以及基因的基础上的，自20世纪80～90年代以来，微生物鉴定系统不断发展，自动化程度不断提高，但也是建立在传统的生理生化和基因基础上。无论是微生物鉴定的传统技术还是基于传统的生理生化和基因基础上的自动化仪器技术，它们均需要经过培养繁殖、分离纯化等步骤，然后再根据表型和基因型来进行鉴定，但是由于微生物群落及其生存环境的复杂性，目前自然界中只有极少部分微生物能够在实验室中培养，这严重阻碍了对微生物验明身份即鉴定的研究，也严重阻碍了对微生物生命活动规律的研究和微生物资源的开发。 　　基于质谱的蛋白质组学技术在微生物鉴定和分类中的应用概述 　　基于质谱的蛋白质组学技术MALDIBioTyper系统在微生物鉴定和分类的应用，可完成三个方面的工作：对于一系列已知微生物，可获得MALDI-TOFMS数据库，即建立已知微生物的标准蛋白质组指纹质谱数据库；对于未知微生物，则制备未鉴定微生物样品，利用MALDI-TOFMS获得质谱数据，再采用提供的软件包，将获得的质谱数据与已知微生物的标准蛋白质组指纹质谱数据库进行比较，以鉴定具有相同或相似质谱数据的已知微生物，再建立未知微生物的标准蛋白质组指纹质谱数据库；采用提供的软件包工具，可以利用已建立的已知和未知微生物标准蛋白质组指纹质谱数据库用于临床、环境、工业未知样品的鉴定。这方面的工作是在质谱采集谱图后，由BioTyper软件进行微生物如细菌、酵母、真菌等的鉴定、分类和去冗余。 　　BioTyper分析软件整合了质谱操作功能和鉴定以及分类的功能，研究者可以自定义滤波（Smoothing）处理参数、数据衰减或基线校正，所以所得结果是专业的峰列表。用于鉴定未知微生物的模式匹配是通过比较所产生的峰的列表同含有种和亚种特征谱图信息的谱图库比较而获得。软件自动产生峰列表并提取代表一个种群的一定数量谱图的典型峰。未知微生物的鉴定是通过将它们独特的峰列表和数据库比较而完成的，由质谱测得的质量和强度相关性产生匹配分值，并用匹配分值来给结果定级。MALDIBioTyper能够通过一个复杂的校正运算对谱峰质量偏差进行校正，从而增加数据库搜索的可信度。在获得峰后，软件可以设定一个公认的起始误差窗口和一个期望的调整结果，在调节范围内将一个新的峰列表校正为一个已知的峰列表，可鉴定偏离了5000ppm的质谱图。对于系统树的去冗余、聚类和产生，BioTyper通过模式匹配计算库中所有主要谱图的相似性，由于这些谱图各自具有独特的谱峰，所以可采用这个相似分值来构建系统树；根据主成分分析，可以对一套谱图进行自动多变量分析，也可获得基于主成分计算基础之上的多种多样的聚类计算和可视化系统树。 　　操作简单、快速 　　可将单个微生物菌落或其它生物材料直接加到MALDI样品靶上并使用MALDI-TOF质谱仪进行分析，谱图识别可以在几分钟内完成，且数据评估同测定直接连接。这种简单且唯一的工作流程对于绝大多数微生物的鉴定是足够的，且不需要进行革兰氏染色、氧化酶测试或PCR引物和条件选择。 　　重复性好 　　在很宽的条件范围内，MALDIBioTyper方法都被证明是很稳定的。生长培养基的不同组成对峰模式分布影响非常小，如在从4000到12000Da的范围内，几乎没有观察到培养