完全树构建中的关键领域：RNA.pdfVIP

30 (1)：22—28 (Jan．，2005) ISSN l000—0739 完全树构建中的关键领域 ：rRNA序列与超级树 谢 强 卜文俊 郑乐怡 南开大学生命科学学院昆虫学研究所昆虫分子系统学实验室 天津 30007l 摘 要 20年来，分子系统学在理论和实践方面都有飞速的发展。随着可用分子标记和所涉及阶元数量的增多和范 围的扩大，以及计算能力的进步，人们对完全树 (univel，saltree)将地球上所有物种囊括在内、描述其间的亲缘关系 的系统发育树的憧憬正在逐步成为现实。由于rDNA／rRNA是惟一作为所有细胞生命形式所共有的分子标记．其在构 建完全树的过程中具有不可替代的作用。近 5年，超级树 (supertree)的技术逐步完善，已经在若干类群 中有 良好 的应用，形成了系统发育与进化生物学领域的研究前沿之一，为最终获得完全树奠定了坚实的基础。 关键词 完全树 ，系统发育，rDNA／rRNA，超级树 ． 中图分类号 Q959．1l7 一 般意义上 的系统发育是对生物类群特征进行 l994；VandePeereta1．，l994)着重于 rRNA二级 分析，得到一个或一组最优树的过程。如果对计算 结构的数据整理，内容包括多种格式的比对数据和 能力做理想化考虑 ，那么在获取所有物种 的rDNA序 二级结构信息，以及与数据对应的参考文献 、接受 列数据后，细胞生命的系统发育树的获得没有障碍 。 编号 (AccessionNo．)和详细的分类学信息 (I)eRi— 目前虽然计算机技术仍以计算机领域中摩尔定律 Jkela1．，1996，1997；VandePeel’ela1．，1996； (Moore’Slaw)所描述的速度迅速进步，但是对于完 VandePeereta1．，1997；1)eRijkela1．，l998；Van 全树 (universaltree)的获得仍然无能为力 ，并且最 dePeerela1．，1998；DeRijkelal，1999；Vande 终实现的时间无法预期。作为一种更为现实的方案， Peereta1．，1999)。此数据库 自2000年改称欧洲核 超级树 (supertree)思想则是对已有的若干分支树进 糖体 RNA数据库 (TheEuropea11I,alg·e／SmalJSub— 行计算，将其组合成为一棵树。此项技术和方法近 unitRibosomalRNADatabase) (I)eRijkela1．， 年来 日臻成熟，为构建完全树提供有益 的思路 ，加 2000；VandePeereta1．，2000；、vLI、tsela1．，200I； 速获得完全树的进程。 Wuytsela1．，2002)。 除了前述两个数据库，还有加拿大蒙特利尔大 1 rDNA／rRNA数据库及其在系统发育研究中的重 学细胞器基 因组数据库 (Kota·b—l,askowskaela1．， 要意义 l998)、波兰科学院生物有机化学研究所的5SrRNA RDP是最早开始的核糖体数据库计划 (Olsenet 数据库 (Szymanskieta1．，2002)、美国加州大学伯 nf．，1992)，经过十余年 的建设 (Maidaketa1．， 克利分校 的 RNA结构分类数据库 (Mur-a·v—RL1stel 1994；Maidak eta1．， 1996；Maidak eta1．， 1997； a／．，2002)和德 国慕尼黑理工大学的ARB数据库 Maidaketa1．，1999；Maidakela1．，2000；Maidak (http：／／www．arb—home．de)等计划或项 目。这 eta1．，2001)，已积累有经过 比对的核糖体小亚基 些数据库的建立为以rRNA为分子标记进行系统发 rRNA序列