宏基因组学研究方法及应用概述.pdfVIP

( ) 生物学教学 2009 年 第 34 卷 第 9 期 ·7 · 宏基因组学研究方法及应用概述 彭昌文 　(山东省济宁学院生物学系 　273 155) 　颜 　梅 　(山东省曲阜师范大学生命科学学院　273 165) 摘 　要 　本文简要介绍了宏基因组的概念 ,概述了其原理及应用 。 关键词 　宏基因组 　宏基因组学 　环境基因组学 　基因文库的构建 　　迄今 ,人们对微生物世界的认识基本都来源于对 裂解法可以直接破碎样品中的微生物细胞而使 DNA 占细菌总种数不到 1% 的微生物的单个种群的孤立研 得以释放 , 由于无需对样品微生物进行复苏 ,且黏附颗 究结果 。然而微生物是通过其群落而非单一种群来执 粒上的微生物细胞亦能被裂解 ,所得 DNA 能更好地代 行在 自然界物质与能量循环中的作用的,对微生物群 表样品微生物的多样性 。此法操作容易、成本低 , DNA 落作为整体的功能认识远远落后于对其个体的认识 。 提取率高 ,但 由于机械剪切作用较强 ,所提取的 DNA ( ) 这种状况不利于全面认识微生物在 自然界所扮演的重 片段小 1 ～50kb , 通常适用于构建小片段插入文库 ( λ ) 要角色 。为了获得完整的环境微生物基因表达产物 , 以质粒和 噬菌体为载体 的 DNA 提取 。异位裂解 早在 1978年许多学者就提出了直接从环境中提取微 法则先采用物理方法将微生物从样品中分离出来 ,然 生物 DNA 的思路 , 1998 年 , AR IAD pharm aceu tical公司 后采用较温和的方法抽提 DNA 。此法条件温和 ,可获 的科学家 Handelsm an 等首次提出宏基因组的概念 [ 1 ] 。 得大片段 DNA ( 20 ～500kb ) , 纯度高 ,但操作繁琐 、成 ( ( 宏基因组 the genom es of the total m icrob iota found in 本高、得率低 ,通常适用于构建大片段插入文库 以柯 ) [ 2 ] ) nature 是指生境中全部微生物基因的总和 。它包含 斯质粒或者细菌人工染色体为载体 的 DNA 提取 。 了可培养的和未培养的微生物的基因总和 ,微生物主 1. 2　宏基因组文库的构建 　宏基因组文库的构建需 要包括环境样品中的细菌和真菌 。而宏基因组学就是 适宜的克隆载体 。通常用于 DNA 克隆的载体主要包 一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 , 括质粒 、黏粒和细菌人工染色体等 。质粒一般用于克 以功能基因筛选和测序分析为研究手段 , 以微生物多 隆小于 10kb 的 DNA 片段 ,适用于单基因的克隆与表 样性 、种群结构 、进化关系 、功能活性 、相互协作关系及 达 。黏粒的插入片段可达 40kb 左右 ,细菌人工染色体 与环境之间的关系等为研究目的的新的微生物研究方 插入片段可达 350kb ,可用来制备由多基因簇调控的 法 ,也称为微生物环境基因组学、元基因组学或生态基 微生物