单体型组装问题MEC_GI模型的参数化算法.pdfVIP

高技术通讯2008年4月第18卷第4期 单体型组装问题MEC／GI模型的参数化算法① 谢民主②～+ 王建新’ 陈建二’ (’中南大学信息科学与工程学院长沙410083) (“湖南师范大学物理与信息科学学院 长沙410081) 摘要根据DNA测序片段数据的特点，提出了一个时间复杂度为O(nk，2‘：+mlogm+ ，以1)的单体型组装In-J题MEC／GI模型的参数化算法，其中m为片段数，n为单体型的SNP 位点数，k1为一个片段覆盖的最大SNP位点数(通常小于10)，k2为覆盖同一SNP位点的 片段的最大数(通常不大于10)。对于实际DNA测序中的片段数据，即使m和n都相当 大，该算法也可以在较短的时I．-1得到MEC／GI模型的精确解，具有良好的可扩展性和较高 的实用价值。 关键词生物信息学，参数化算法，基因型，单体型，单核苷酸多态性 rameterized 0引言