单体型组装问题计算模型的比较与分析.pdfVIP

NQ．11 计算机科学2008V01．35 单体型组装问题计算模型的比较与分析¨ 周伟王建新谢民主陈建二 (中南大学信息科学与工程学院 长沙410083) 摘要单体型检测在遗传病基因的定位、药理反应的研究、个体识另q等方面有极其广阔的应用前景。单体型组装问 题指如何利用个体的基因测序片断数据，根据不同的优化准则确定该个体单体型的计算问题。对MSR，MFR，MFl：， WMLF，MEC／GI等单体型组装模型做了详细的分析比较，得出了如下结论：在没有引入测序误差情况下，上述模型的 重构精度基本一致。随着测序误差的增加，MEC／GI模型的容错性最好，重构精度最高；MSR模型受测序误差的影响 最大，只适用于测序误差极小的情形。 关键词单核苷酸多态性，基因型，单体型，NP难问题 for Problem on Models SurveyComputing HaplotypeAssembly