吉林大学《微生物》10-分类与鉴定zzm.pptVIP

依据16sRNA和18sRNA序列的同源性，将原核生物分化为细菌和古生菌两个域，而动物、植物和真菌在进化上更具相关性，合并为真核生物域，1990年美国伊利诺伊大学Carl Woese发表生物三域（Domain）学说。 （2）在分类学文献中 学名=属名+种名+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份 必要（斜体） 可省略（正体） （3）三名法 有亚种或变种时，学名由“三名法”构成 学名=属名 + 种名加词 + subsp 或 var + 亚种或变种的加词 斜体 正体（可省略） 斜体（不可省略） 三、微生物分类鉴定的方法 菌种鉴定步骤： 获得纯培养物 测定必要的鉴定指标 查找权威性的菌种鉴定手册 分类鉴定方法： 经典分类鉴定法 微生物遗传型的鉴定 细胞化学成分的鉴定 现代方法 数值分类法 在生物学表型为指标的传统方法，正在向微量化、简便化、快速化、智能化的方向发展。目前，已有商品化的鉴定系统，如： API系统 “Enterotube” “Biolog”全自动和手动系统 按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类 特点: 使用尽可能多的性状，每个性状同等重要。 步骤: (1) 收集菌株，选择性状 (2) 性状编码 (3) 相似性计算: 计算相关系数Ssm（简单匹配相关系数） 或Sj（Jaccard相关系数）： Ssm=（a+d）/(a+b+c+d) 正负反应性状 Sj=a/(a+b+c) 正反应性状 Sj 80~85% 种 Sj 65% 属 (4)系统聚类 (5)聚类结果的表示 热变性法 浮力密度法 高效液相色谱法 3. 细胞化学成分用作鉴定的指标 细胞壁的化学成分 全细胞水解液的糖型 磷酸类脂成分的分析 枝菌酸的分析 醌类的分析 脂肪酸组成和代谢产物分析 高温产氢菌的分离筛选与鉴定 厌氧发酵产氢的微生物 高温产氢菌的分离筛选 可降解纤维素厌氧产气氢菌的富集 高温产气菌的快速分离 高温产氢菌的纯化 倒置小管实验，筛选高温产氢菌 多相分类学鉴定 形态学特征 生理生化特征 脂肪酸成分分析 基因组DNA的提取和GC含量测定 16S rDNA的初步鉴定 系统发育学分析 发酵装置设计 本章重点 1. 分类单元（七级） 种是基本的分类单位 2. 命名 1）学名的国际命名法则——双名法 2）常见微生物的学名 3. 分类鉴定的方法和指标 4. 分类系统 （3） rRNA序列同源性分析 三种方法： rRNA-DNA杂交、 rRNA寡核苷酸编目分析 rRNA基因序列分析（系统发育树状图）。 分析不同微生物16SrRNA或18SrRNA寡核苷酸序列的同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系。 T1RNA 酶水解（专一性水解G 上3’端磷酸酯键 ） 提纯rRNA（32P标记） 一系列寡核苷酸片段（长度不一以G为末端） 双向电泳分离，确定rRNA寡核苷酸的指纹图谱 寡核苷酸序列分析（6个核苷酸以上） 编目，比较、计算和分析 确定菌株间的亲缘关系 rRNA寡核苷酸编目分析实验方法： rRNA寡核苷酸编目分析的基本原理： 用一种RNA酶水解rRNA后，产生一系列寡核苷酸片段，如果两种或两株微生物的亲缘关系越近，则其所产生的寡核苷酸片段的序列也接近，反之亦然。 rRNA作为进化和系统分类指征的优点： a）rRNA具有重要且恒定的生理功能； b）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度 保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的 各类生物亲缘关系的研究； c）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； d）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； e）16SrRNA普遍存在于原核生物中(真核生物中其同源分子是 18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 一些生物大分子（如16SrRNA或18SrRNA），其分子序列的改变量与分子进化的时间成正比，因此，这些生物大分子被作为分子计时器，真实记录了各种生物的进化过程。可通过比较不同类群的生物大分子序列的改变量来确定它们彼此系统发育的相关性或进化距离。 分子计时器： （