教程-RasMol使用详解.docVIP

Rasmol使用详解 一、简介 Rasmol 2.7是计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Interne上的各种免费数据库中，下载所需观察与研究的分子坐标文件，进而通过Rasmol 2.7以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。Rasmol 的作者是GlaxoWellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger SayleRasmol 2.7最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA, 均能适用，且显示模式非常丰富。而且它程序短小，功能强大。尚无在功能上出其右者。其显示窗口可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。用命令行窗口，通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。Rasmol的最新版本可到该网站下载（http://www.openR）。在Software Distributions可见到如下图所示部分： 点击图中指示条目可出现下图： 点击圆圈处即可下载最新版的适合广大windows操作系统用户的Rasmol .1。现提供该软件的下载链接与此处，方便用户立即下载。点击下载 四、使用Rasmol 双击名为raswin的图标即可启动Rasmol。启动的Rasmol分为前面介绍过的两部分：显示主窗口和行命令窗口。 Rasmol能打开pdb类型的文件，所需pdb文件可在该网站下载。（/pdb）可在如下图所示的搜索框中输入所要查找的物质名称： 点击search即可查到所需物质的pdb文档。我们以PTEN蛋白为例：输入PTEN,点search查找，可得到如下搜索页。 点击图中箭头所示处即可打开如下页面： 点击圆圈处即可下载该蛋白的pdb文档。 要打开刚才下载的文档，先选择File，再选择Open。如下图： 然后在弹出的选择框中选择刚才保存的名为1d5r的文档，如下图： 打开之后即在显示主窗口中显示了PTEN的结构，如下图： 特别提示：在已经打开一个pdb文档的情况下，要想打开另一个，必须先关闭前一个。点击File，选择Close，才能打开后一个，否则后一个无法显示，如下图： 五、Rasmol各项指令及演示 1．Display菜单 下面以一个小分子有机物尿素为例。打开尿素的pdb文档出现下图： 一般打开的文档Rasmol会以默认的显示方式wireframe，显示出原子之间的键，若想以其他方式观看该物质的结构，可在Display中选择。包括下图所示的几种： 如下图选择Sticks模式则原子连键会以圆柱显示： 选择Spacefill模式则可以实心球体来显示分子的立体结构： 选择BallStick模式则以球-棒表示分子，原子以球表示，连键以棒表示： 由于尿素分子为小分子，所以用于显示大分子的Backbone,Ribbons,Strands和Cartoons模式无法显示，我们以一种大分子alpha螺旋为例来说明。打开alpha螺旋文档并选择Backbone模式，则可看到分子的主链以圆柱模式显示： 选择Ribbons模式，用丝带表示其结构： 选择Strands模式，用绳丝带表示其结构： 最后一种Cartoons模式主要用于表示大分子的某些特殊结构，如α螺旋、β折叠等，该模式是我们教科书上图片常常采用的格式。 2．Colours菜单 Rasmol在此菜单下可以选择多种颜色模式，以human amylase为例。在Monochrome模式只是用单色显示分子结构，如下图： CPK模式是表示立体分子最常用、最传统的颜色模式，该模式配色以原子为基本单位： Shapely模式每一种氨基酸或核酸的残基都有一个特定的颜色来表示，如下图： Group模式是根据氨基酸与核酸残基在分子链中的位置进行上色，每条链从蓝色、绿色、黄色、橙色到红色，如果一条链含有大量异族分子，则颜色变化不一定从蓝色显示到红色，如下图： Chain模式对蛋白质与核酸的每一根大分子链均以单独的颜色显示，在显示蛋白质亚基和DNA双链结构非常有用，如下图： Temperature模式表示不同原子在分子中的不同温度值，衡量给定原子的热运行性。数值越高越偏于暖色（红），否则越偏于冷色（蓝）。如下图： Structure模式主要用来表示蛋白质二级结构，α螺旋表示为深红色，β折叠表示为黄色，转角表示为淡蓝色，其他残基为白色。如下图： User模式适用用户储存在pdb文件中的颜色方案显示三维分子。 3．Options菜单 此菜单中的一些选项如Hydrog