蛋白质三级结构预测(swiss-model同源建模).pdfVIP

利用同源建模预测蛋白质的三级结构 首先声明一下，以下纯属个人观点，方法步骤仅供参考，不可作为规范标准， 结果出来之后请自行分析结果。 我用的是 SWISS- MODEL 同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测，其实 这个方法是有限制条件的，不过作为一个选修课作业，我们不用深入探究，所以 有时不够严谨，大家知道就行！ 首先，同源建模的核心思想或者说是原理是：对于一个未知结构的蛋白质， 找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋 白质建立结构模型。 那么，我们首先要做的就是找到和我们Sbjct 序列整理过后的氨基酸序列（就 是上次在二级结构预测中我所提到的，把所有的Sbjct 整理成一条连续的、不含 空格和“— ”的氨基酸序列，例如：【字母大小写没有影响】 vlqdsigyirilsmmdpvvdefdrayqqvkdfpdlmvdvrengggnsgngkkiceylihkpqphc vspdweiiprkd ） 同源的、相似度最高的、已知三级结构的蛋白质作为模版。 打开SWISS-MODEL 网站：/ ，选择“Template Identification ，提交蛋白质序列进行模板识别，如图所示，注意：邮箱必填， 名称随便填写