生物信息学技术讲课.ppt

* 大家好！欢迎大家参加图书馆举办的“电子资源”用户培训, 今天下午我介绍的数据库叫PubMed。 * 大家好！欢迎大家参加图书馆举办的“电子资源”用户培训, 今天下午我介绍的数据库叫PubMed。 * * NCBI网页的BLAST2 SEQUENCES界面 * * * 二、核酸序列的比对分析和功能预测 FASTA：根据用户提交的单个序列进行 数据库搜索比对的程序。 网上服务器和电子邮件服务： http://www.ebi.ac.uk/ mailto: fasta@ebi.ac.uk http://www.fasta.genome.ad.jp mailto: fasta@nig.ac.jp * 二、核酸序列的比对分析和功能预测 进行多序列联配 ： ClustalW: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html， /soft/molbio/align/clustal/， ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/dos/clustalw。 ClustalX: CluastalW程序的UNIX版本，它使用X窗口图形界面， ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software ftp://ftp-igbmc.u-strassbg.fr/pub/clustalX。 对联配结果进一步编辑，形成适于发表的形式，可用的软件有： SeaView: ftp://biom3.univ-lyon1.fr BOXSHADE: /software/box_form.html) CINEMA: http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/cinema2.1/cinema2hdr.html * 第五节 核酸序列分析 三、开读框的分析 GT-AG法则：外显子与内含子之间的连接区序列高度保守， 如大部分内含子5’端起始的两个碱基是GT，3’端最后两个 碱基是AG。 基因识别软件，常用的有： ★ORF Finder (/gorf/gorf.html ) GRAIL (/grainbin/ ) GeneFinder (http://genomic.sanger.ac.uk ) Glimmer (/labs/compbio/glimmer.html/ ) GenScan (/genscan.html ) GeneLang (/genlang/) * 用GeneFinde进行开放阅读框分析 * 用GeneFinde进行开放阅读框分析 * 四、引物设计 Primer Premier软件: Primer5软件: /cgi-bin/primer/primer5 Oligo、Vector NT、Omiga等 * 五、向数据库提交核酸序列 向EMBL提交数据的网络表格可参见： http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.tml 向GenBank数据库提交核酸序列可联网进行 /GenBank/index.html 也可用Sequin软件制作好序列提交文件，向NCBI 发送E-mail(gb-sub@)提交 * * 第六节 蛋白质序列分析★ 蛋白质基本性质分析 蛋白质功能预测 蛋白质结构预测 蛋白质分子进化分析 * 一、蛋白质基本性质分析 蛋白质的氨基酸组成、分子量、等电点等方面的分析 : OMIGA、DNAMAN、BioEdit、MacVector等 蛋白质疏水性分析 ：ProtScale， /cgi-bin/protscale.pl 预测跨膜区 ： http://genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ /software/TMPRED_form.html http://www.emblheidelberg.de/services/sander/predictprotein ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk。 * * * * * 用TMHMM 软件预测的SARS-CoV 的E蛋白的跨膜区 * 第六节 蛋白质序列分析 一、蛋白质基本性质分析 预测信号肽： http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 蛋白质亚细胞定位 ： http://predict.sanger.ac.uk/nnpsl/ * 预测信号肽 * 预测信号肽 * 蛋白质亚细胞定位 * 蛋白质亚细胞定位 * 二、蛋白质