基于统计特征酶蛋白质中特殊模体βαβ预测.pdfVIP

生物物理学报 2013年9月 第29卷 第 9期：658—668 、^～l^^，．cjb．org．ca ACTA BIOPHYSICA SINICA Vo1．29 No．9Sep．2013：658—668 基于统计特征的酶蛋白质中 特殊模体 p0B【的预测 宋航宇， 胡秀珍， 冯振兴， 姜 卓， 孙利霞 内蒙古工业大学理学院，呼和浩特 010051 本文通过 “绿色通道 ”投稿 f推荐编委 ：肖奕) 收稿 日期：2013．09．02；接受 日期：2013．09．10 基金项目：国家 自然科学基金项 目30960090) 通讯作者：胡秀珍，电话：(0471)6576281，E—mail：laxz@imut．edu．ca 摘要：酶类是蛋 白质中的重要组成部分，对其结构和功能的研究有重要的生物学意义。因此 ，作 者对酶类蛋白质 中的复杂超二级结构p0lp模体进行 了统计分析和预测。建立了包含 1141个酶蛋 白质的13~13模体数据库，通过统计分析，确定 以loop-仪一loop长 10~26个氨基酸 的p仪B模体为 研究对象，以离散增量值、残基间的相互作用信息、预测的二级结构信息和矩阵打分值为特征 参数，使用随机森林算法对p仅p模体进行预测，5交叉检验预测总精度为 84．7％，相关系数达到 0．686。将相 同特征参数输入到支持 向量机算法中，比较后发现随机森林算法得到的预测结果 较好。 关键词：Bp模体；随机森林算法；氨基酸残基相互作用 ；离散增量值；矩阵打分值 中图分类号：Q61 DoI： 】0．3724／SP-J．】260．20】3．30】27 引 言 酶是一种具有催化功能的蛋 白质 f生物催化剂)，它能在机体内十分温和的条件下，高 效率地催化各种生物化学反应，促进生物体的新陈代谢，同时也是最为重要的药物靶点[1]。 一 些酶的缺少会对身体机能的运行产生不 良的影响，甚至导致先天性或遗传性疾病，如酪 氨酸羟化酶缺乏会导致 白化症，蚕豆病或对伯氨喹啉敏感的患者是因6一磷酸葡萄糖脱氢酶 缺乏2[]。随着酶学研究的发展，各种酶制剂在临床上的应用也越来越普遍f31。 对于一条未知的酶蛋 白质序列，要知道其生物功能，主要有两种途径：第一种，由于 酶的催化性能及其特征与其所属的家族类、亚类有着密切的关系，通过判断它属于哪个家 族类、哪个亚类嗍，可以推知其功能。对于酶蛋白质分类的研究，我们小组做过一些相关工 作 q；第二种，遵循 序‘列 ．结构．功能”的范式，通过酶蛋白质的序列预测其空间结构， 由空间结构确定蛋白质的生物学功能，这个范式的思想可以一直追溯到 1894年Fischer提 出的锁 钥 (1ock-and-key)模型阴。 宋航字等：基于统计特征的酶蛋 白质中特殊模体 p p的预测 如今，在生物学研究中，用理论方法预测蛋白质结构已经成为研究蛋白质结构和功能 的重要手段 【叫明。酶序列数量的巨大增加，为酶蛋白结构的预测提供 了良好条件。酶蛋白的 高级结构包括二级结构、三级结构和四级结构，完整的二、三级结构对维持酶的活性中心 的空间构象至关重要回。由酶的序列直接预测蛋白质的三级结构非常困难，因此，本文选择 了二级结构与三级结构的中间结构—— 超二级结构开展研究，超二级结构作为三级结构的 组成模体，对蛋白质三级结构的预测起着很重要的桥梁作用，尤其是蛋白质的复杂超二级 结构预测。31(~13模体是蛋白质复杂超二级结构中的一类重要结构。在蛋白质结构中，两组 平行 的B折叠片和一个 仅螺旋通过 loop连接 ，且 13折叠片之 间存在氢键 ，形成 的 p．1oop一．1oop．B结构称为 p0p【模体[11】。 在 31,~31模体上存在很多功能位点，如硫酸根结合位点、NAD结合位点及 ADP结合位 点等，对相应的酶行使其功能起着重要作用。例如，p仅B模体上的NAD结合位点，作为氧 化还原酶的辅酶因子，在酶促反应中起着重要作用。以NAD(P)为例，NAD 或NADP+作 为受体作用于供体CH．OH基团上，才能完成磷酸甘油酯的代谢过程这一酶促反应 。1976 年 ，RossmannE2]通过比较四种已知的NAD结合蛋 白晶体，阐明了酶蛋白的BB模体是导 致核苷酸结合的原因，特别是NAD(P)。另外，p0B【模体包含大量的折叠信息，可以折叠 组合成一些具有特殊功能的结构，从而使酶具有某种功能，进而催化细胞的新陈代谢活动。 例如，八个 p0S【折叠成的(B．)。桶，最早在磷酸丙糖异构酶中发现，