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生物信息学第二章 生物信息学的计算机基础 毛理凯 本课目录 基础知识 程序语言 算法 数据库 计算机网络 一、基础知识 计算机的结构（硬件） 操作系统(Windows)、桌面 古老的系统DOS与命令行程序 Windows的前身是MS-DOS Windows中的虚拟DOS（附件/命令行提示符） 在生物信息学中仍有广泛应用 目的是运行命令行程序 没有Windows图形界面的程序 演示… 为什么很多生物信息学程序要用命令行 速度 便于自动化 批处理 (DOS) 脚本 (Linux) BioEdit很好的利用了这一点 命令与参数 命令提示符(command prompt) (DOS) $ (Linux) DOS命令 type, cd, dir… 参数 应该使用什么参数: 帮助 /? /h -h --help DOS常用命令 x: 进入某一硬盘分区 dir 显示当前目录中的内容 cd 进入某一目录/显示当前目录 md 创建目录 (mkdir) copy 拷贝文件 del 删除文件 move 移动文件,更改文件名 type 打印某一文件内容 pause 暂停 (多用于批处理) @ 隐藏命令行 (多用于批处理) 批处理 扩展名: bat (batch) 例: 做一个批处理再现BioEdit自动建树 工具: 记事本 步骤 让资源管理器显示扩展名 安装BioEdit及TreeView,拷贝clustalx.exe 制作bat clustalw %1.fas TREEVIEW_PATH\treev32 %1.dnd 运行example test 为什么Windows程序没有参数? 其实很多Windows程序都有参数 例 explorer.exe /e, d:\ Windows程序的参数往往用选项表示 UNIX/LINUX (科学系统) Ubuntu Linux简介 Linux之父 Linus Torvalds (1969-) 优点 免费 安全 高速 Linux核心(kernel) 最新稳定版本 (2007-11-16) 有多大? 只有51k 在Windows下运行Linux程序 虚拟Linux vmware 创建Linux Cygwin Cygwin/X MSYS/MinGW (Minimal SYStem) 用MSYS编译、运行程序 下载、安装MSYS/MinGW (20M) 下载Seq-Gen (用Monte Carlo法从树逆向产生序列) (56k) 常见Linux程序格式: 压缩的源文件(tgz) 解压: tar xvfz Seq-Gen.v1.3.2.tgz 编译 (参见README) cd source make 运行 (参见documentation) seq-gen -mHKY -t3.0 -f0.3,0.2,0.2,0.3 -l40 -n3 example.tree example.dat 常用Linux命令 没用硬盘分区/盘符,大小写敏感 ls 显示当前目录中的内容 pwd 显示当前目录 cd 进入某一目录 mkdir 创建目录 cp 拷贝文件 rm 删除文件 mv 移动文件,更改文件名 less/more 打印某一文件内容 Mac OS (视觉系统) 二、程序语言 软件怎么来的？ 用各种程序语言编写出来的 甚至操作系统也是 如何编程？ 用文本编辑器（如记事本）编写代码 编译（可选） 打包（可选） 执行 C/C++/C# 程序员使用得最多的语言(使用率:30%=15+11+4%) 强大、高速(适于作核心程序编写)、库函数极为丰富、操作灵活、无所不能、历史悠久 BLAST等许多著名的生物信息学程序是C编码 难学、难用 编译型语言(产生二进制代码;直接执行产生的二进制代码) C本身由汇编语言(asm)编写,C++由C编写,C#由C#自己编写！ printf(“Hello, the world!＼n”); cout “Hello, the world!” endl; System.Console.WriteLine(Hello, World!); Perl 使用率:4.8% 字符串操作功能强大、容错型好、可与C语言联合使用、易使用、易开发网络应用 不易图形化 解释型语言(解释器直接执行代码) 本身由C编写 Bioperl (生物信息学专用) print Hello, the world!＼n Python 使用率:5% 在生物信息学中广泛应用、扩展性好(可与C、Java等混合使用)、数据类型丰富、极易使用、可充分体验高速编程的快感、多平台 速度较慢、适于作外围程序编写 解释型语言 本身由C编写 BioPython (为计算分子生物学设计) print Hello, the world! Java 使用率:24%(单种语言