第九章生物信息学软件介绍2.pptVIP

同源模建的基本过程包括六部分：①寻找一个或一组与待测蛋白质同源的由实验测定的蛋白质结构，进行结构叠合；②建立未知蛋白质与已知结构蛋白质的序列比对；③找出结构保守性的主链结构片段；④模建结构变化的区域，一般为连接二级结构片段间的区域；⑤侧链建模；⑥利用能量计算的方法进行结构优化。一般地，序列一致性越差，匹配的准确程度越低，建立的模型精度也越差，序列一致性低于30％的蛋白质难以得到理想的结构模型。 一、insightII (accelrys 公司） 1、Builder 建分子模型 Sketcher: 画小分子结构 Biopolymer： 画多肽结构 2、力场 1）Discover 2) CHARMm 3) CFF 3、分子动力学优化 寻找能量最小化构象 4、同源模建 1）Homology 2) Modeler 5、活性位点分析 Binding Site Analysis 6、对接 Affinity DS studio 二、Tripos Tripos Software SYBYL its modules SYBYL, Concord , MOLCAD, SiteId, Advanced Computation, GASP, DISCOtech, HQSAR, QSAR, AMPAC, Advanced CoMFA, Distill, clogP/cMR, Biopolymer, Composer, GeneFold, ProTable, MatchMaker, Leapfrog, HiVol, CombiLibMaker/Legion, CLM 3D option, DYANA, Dynamics, Selector, Triad, Mardigras, FlexS, CScore, Confort, Stereoplex, DiverseSolutions, Receptor, MM2/3, VolSurf, FlexX, CombiFlexX, Unity Base, Unity 3D Software Introduction SYBYL Graphics window Text port Software Introduction FlexX docks molecules into protein binding sites generates docked conformations generates docking scores assess complementarity between receptor ligand Virtual Screening Database Screen with FlexX Virtual Screen Virtual Screening Top100 Crystal Virtual Screening 三、MOE （inforsense) 生物信息学软件介绍( 二）结构与药物设计 一、蛋白质结构数据库PDB 早在序列数据库诞生之前的70年代，蛋白质结构数据库(Protein Data Bank，简称PDB)就已经问世。PDB数据库原来由美国Brookhaven国家实验室负责维护和管理。 1998年，由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics，RCSB)。PDB数据库改由RCSB管理。 /pdb/home/home.do 二、结构浏览器 1、RasMol和基于RasMol的浏览器 目前在PDB数据库的浏览居于三种浏览器，即VRML，RasMol和Chime。 RasMol 2、MMDB浏览器：Cn3D NCBI的分子模型数据库MMDD是NCBI Entrez体系的一部分。其中囊括了由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的所有PDB生物分子三维结构。MMDB是ASN.1记录格式，而非PDB记录格式的数据库。MMDB结构与原始的PDB结构相比，增加了一些附加信息，包括经程序验证的显性化学图像信息，一致的二级结构衍生定义，与MEDLINE相匹配的引用，基于源自生物实体的蛋白质或核酸链进行分类的分子匹配。 Cn3D是一种新的三维结构浏览器，用于浏览MMDB数据记录。 Cn3D 二、蛋白质结构预测 1、同源模建 同源性分析： Clustalx Blast 序列相似性查询 BLAST(/blast