生物信息学4.pptVIP

* * 四、核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索 Sequence-based database searching 序列对位排列（sequence alignment） 将两条或多条序列对位排列，突出相似的结构区域 序列1 序列2 Function Structure Sequence 表示序列的字符 两条DNA序列对位排列分析 两条蛋白质序列对位排列分析 分析功能 分析物种进化 检测突变、插入或缺失 序列延长 序列定位 基因表达谱分析 用途 序列对位排列分析的种类 序列对库对位排列分析 从数据库中寻找同源序列 主要涉及核苷酸数据库和蛋白质数据库 两序列对位排列分析 多序列对位排列分析 （一）序列对位排列分析的基本原理 1、记分矩阵（scoring matrix） 记分矩阵中含有两条序列对位排列时具体使用的分值 分数越高，两条序列匹配越好 DNA序列对位记分矩阵 序列1 A C G T T A G C 序列2 A C T T T G G C 记分 0.9 0.9 -0.1 0.9 0.9 -0.1 0.9 0.9 ＝ 5.2 蛋白质序列对位排列分析记分复杂 一致氨基酸的记分不同 稀有氨基酸（C），分值高 普通氨基