蛋白质网络.pptVIP

模块结构和多种蛋白质复合物 PIN已经被证明有模块结构，直接的解释是，它有很多蛋白质复合物 检测蛋白质复合物的方法是聚类，包括MCL（Markov聚类）、RNSC（限制邻近搜索聚类）、SPC（超顺磁聚类）和MCODE（分子复合物检测） 对原有网络进行随机化移除或加边，然后用这几种算法测试，发现MCL比其他的鲁棒性好，RNSC对边的删除更敏感，其他两种在这些方面相对弱些 模式识别的算法也可以得到模块结构，定义节点度的相似度量，开始于一个初始的随机子网络，根据相似性与他们的邻居交换信息，这种方法与MCL很相似 用网络的模块结构，根据下面两种度量定义了节点的作用 1、z，相对模块内节点度，衡量一个节点连接到模块中其他节点的好坏 2、P，参与系数，衡量节点连接到其他模块的好坏 也证明了网络的异配性 五、蛋白质信号网络（PSN） 大多数信号网络的研究集中在减少复杂性的一个特定蛋白质翻译后修饰（PTM） 一些基于常微分方程的数学模型可以提供很多关于动力学及信号转导路径功能的洞察，但需要很多生物数据 定义PSN：节点是蛋白质的PTM状态水平；有向边是因果关系，暗示一个蛋白质的PTM状态使得另一个蛋白质的PTM状态改变。因此节点是一个定量变量，即PTM状态的浓度。磷酸化是研究的最多的PTM 扰动策略 近来，两个主要的研究是怎样通过实验获得体内PSN和扰动分析 基本思路是：系统中的某些元素发生扰