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DNASTAR软件包（5.*版本） EditSeq GeneQuest MapDraw PrimerSelect MegAlign Protean SeqMan 四、PrimerSelect 二、软件和课程资料下载地址 部门网站——微生物网站——教学园地—教学课件 FTP——基础部——微生物 确认Dimer，Hairpin 和Priming Sites 调色板工具（窗口左侧从顶端起的4-6）已经激活。 在窗口下边的第3 排可以看见引物序列。序列两端的三角形“handles”允许你缩短或者延长序列。在窗口的左上角的标题告诉我们引物的长度是23 核苷酸，溶解温度为65.5 度；而底部窗口的绿色棒显示引物在序列上的大概位置。下面的信息告诉我们没有大于2 bp 的二聚体形成，并且引物只能形成一个并不理想的发卡样结构。拖动窗口左边的滚动条之间的黑框调整上下窗口的比例。 拖动引物左上黑三角形直到长度延伸到33 核苷酸。 现在引物的长度已经显示在窗口的标题中。引物的溶解温度也增加到78.6 度，将难以进行PCR。看下面的窗口有二聚体和发卡形成，并标记（坏！）。由于长引物容易形成稳定的二聚体和发卡样结构，所以我们设计的引物经常较短。 再一次拖三角直到引物最初的23 核苷酸。窗口又和我们开始打开它的时候一样了。 7.引物中引入突变 PrimerSelect 工作台可以很容易的在引物中引入突变。我们“Best choice”的正向引物序列只编码一个苯丙氨酸。在这一节中，我们把读框1 的苯丙氨酸通过改变读框中的密码子转换成苏氨酸。转换完成后我们将可以观察到我们变化的效果。 点击引物下面，读框1 中绿色的苯丙氨酸，会出现一个小盒子（如右）。盒子中显示全部4 种可能的苯丙氨酸密码子和词“Other.”标记的GCC 是这个苯丙氨酸残基的密码子。 选择Other 会自动跳出一个子菜单，其中显示所有的氨基酸及其代号，在“T-Threonine.”上点击一下，模板序列上的碱基组成没有改变，但是引物序列和其编码的氨基酸（Thr-Ala）发生了改变。Thr 显示为红色，表明它是从最初的引物序列上突变得到的。查看屏幕底部的左角，可以看到引物形成了一个稳定的二聚体。我们可以通过给我们的Thr 残基做沉寂突变来删除这个不受欢迎的二聚体。我们试着把苏氨酸的密码子改变为ACC。这个密码子与苯丙氨酸密码子（GCC）只有一个核苷酸不同。 单击红的Thr 残基，从菜单中选ACC 代替现在的ACT。 下面的窗口显示从G 到A的单一的核苷酸变化去除了二聚体。另外，正向引物的融解点已经从65.5 减少了到53.7。也许正向引物新的溶解温度可以与反向引物匹配，但是我们可以找到与之更相匹配的反向引物。 在工作台的右上的白色文框输入突变引物的名字。 点击窗口左侧顶端的OK 钮，保存突变的引物。 从LOCATE MENU 中选择PCR Primer Pairs更新窗口。新的引物对会加入窗口中，突变的正向引物用淡绿色的箭头表示。 打开建议帘。没有警告的第一个突变引物对是从顶端起的第11 个。这一引物对被评定为“OK”，如果我们必须使用突变引物的话，虽然用它扩增的产品数量不多，但是它却是我们最好的选择。 8.PrimerSelect 文件保存 从文件菜单，选保存。 选定文件的保存位置，命名。 单击同意，任何对引物，或者引物目录表的操作都将和文件一起被保存。 * * DNAstar软件包及常用基因组学软件的使用简介 第三军医大学微生物学教研室 朱军民 电话：752239 PrimerSelect 能够设计PCR，测序和杂交实验所使用的引物和探针。输入你的DNA，RNA 或反向翻译的蛋白质模板序列后，PrimerSelect 就可以在pentamer 窗口计算序列的融解温度，自由能和末端自由能。 在模板处理后，PrimerSelect 按照用户定义的参数确定引物的位置，并给引物评分，然后筛选出模板序列上的最佳引物序列。引物“workbenches”允许你修改你的引物，检查参数编辑对翻译读框，二级结构，错误的引物位置和限制性酶切位点的影响。如果你选择并优化了你的引物，PrimerSelect 可以让你建立有关模板，引物，扩增的文件。 1. Sequence Entry Import data from many popular file formats Read sequences and features from other Lasergene project files Download sequences directly from NCBI or a DNAST