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生物信息中的常规分析及工具 生物信息室 童维 各个层次的数据分析： 一，日常数据处理 二，基因组数据分析 三，EST数据分析 四， 蛋白质组数据分析 …… 一，日常数据处理 1，小片段DNA序列的拼接: Phredphrap套件 2，序列相似性搜寻: BLAST, BLAT, … 3，序列多重比对: Clustalw 4，引物设计: Primer3 5，序列酶切位点分析: restrict 6. DNA序列本身的处理，如：提取、转为互补链、翻译等: extractseq, seqret, … ……. 拼接套件 1，phred 读取程序，它实现碱基识别和错误率估算，生成*.phd文件。 2，phd2fasta 转化程序，它将*.phd文件转化为FASTA格式的*.seq , *.seq.qual的文件。 3，cross_match 载体标记程序，它将*.seq文件中的载体顺序标记为X. 4，phrap 拼接程序，拼接各短片段，并进行质量评估。 5，consed 校对程序，查看拼接结果，并结合人工校对。 FASTA 数据格式 先让我们认识一下FASTA序列及其质量文件的格式. dpsxa0_000101.scf TCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGGGCCTA ATAGAAGGGGACCGAAAACACATAATCCAAGCACTATCCATCAGCCATTG CACTAGGCGTATACTTCACCCTCCTCCAAGCCTCAGAATATTACGAAGCA CCATTCACAATCTCCGACGGAGTGTATGGATCCACTTTCTTTGTGGCTAC AGGATTTCACGGGTTGCACGTAATCATCGGATCTACTTTCCTAGCAGTGT GCTTACTACGACAACTAAAATTCCACTTCACATCCAACCACCACTTCGGC TTTGAAGCCGCAGCCTGATACTGACACTTCGTAGATGTAGTTTGACTATT CCTTTACGTATCAATCTATTGATGAGGATCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA AACTCGAGGGGGGGCCCGGTACCCAATTCGCCCTATAGTGAGTCGTATTA CGCGCGCTCACTGGCCGTCGTTT dpsxa0_000101.scf 20 21 29 22 25 25 29 37 34 34 34 32 32 32 40 34 32 32 27 29 27 29 27 27 27 29 29 35 37 37 40 40 40 42 42 42 43 46 56 56 56 56 51 51 56 56 56 56 56 56 56 56 42 56 56 56 56 56 51 51 40 40 40 40 56 56 56 56 56 56 56 56 56 56 56 56 56 56 51 40 40 40 40 40 46 48 48 48 48 28 22 13 7 7 7 13 19 31 40 40 40 33 33 37 37 37 37 37 40 56 56 56 56 42 42 42 42 44 51 51 56 56 56 56 56 56 56 42 42 51 51 56 37 34 33 33 31 32 35 45 40 40 43 56 56 40 40 40 38 38 38 45 37 40 40 40 56 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 45 40 42 40 40 40 39 35 29 29 29 35 35 37 40 40 40 40 40 40 45 42 35 35 35 37 37 35 35 40 35 35 35 35 43 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 32 35 31 31 31 29 37 40 38 35 35 35 35 35 35 35 35 37 37 40 40 45 45 40 40 40 40 40 45 42 42 43 43 56 56 56 40 40 40 40 37 37 40 40 40 40 40 37 37 37 40 40 40 44 44 42 40 40 45 40 37 37 37 37 37 37 44 35 32 29 32 32 32 42 56 56 42 42 42 4