第15章生物化学与新生物技术.pptVIP

生物化学与新生物技术 第一节基因组学 一、基因组和基因组学的概念 二、基因组图谱 三、人类基因组研究 一、基因组和基因组学的概念 基因组（genome ）是指一个生物机体的一套完整的遗传物质，即全套基因的总称，包括决定蛋白质和核酸结构的编码区，以及并非直接决定蛋白质和核酸结构的非编码区。自从1990 年启动“人类基因组计划”后，开展了对人类基因组结构的研究，随着该计划的进行，发展和建立了多种新的研究技术，借助这些技术，先后开展了对果蝇、家鼠、线虫、水稻、拟南芥、啤酒酵母等数十种动植物和微生物基因组结构的研究，于是提出了基因组学（genomics）或基因组工程（genomic engineering ）的概念，它包括研究基因组结构的方法技术、各种基因组图谱的建立等。 二、基因组图谱 1 ．基因组物理图谱 2 ．基因组遗传图谱 3 ．基因组表达图谱 4 ．单核苷酸多态性图谱  1 ．基因组物理图谱 物理图是从战略的角度研究DNA 序列，它是以特异的DNA 序列为标志的染色休图。标志之间的距离以物理距离如碱基对（bp）、千碱基对（kb）等表示。最粗略的物理图是染色体组型图（即染色体的细胞学区带图），最精细的物理图是核苷酸序列图。 物理图谱包括序列标记位点图、限制酶图、辐射杂种细胞图等。 ① STS 图谱序列标记位点（sequence tagged sites , STS）图谱是以碱基对为标尺，以STS 为位标所绘出的物理图。STS 位标是以单拷贝DNA 序列为基础发展而来的一对PCR 引物，每个位标在基因组内只有一个特定的位置。依据此序列设计的引物不仅具有DNA 位置特异性，而且具有PCR 方法测定的方便性。利用STS 位标将众多的YAC 克隆依照它们在染色体上的位置排列起来，构建一个所谓克隆重叠(cotig) ，构建大量的重叠群后，对YAC进行DNA 测序，然后把结果串联起来得到全染色体序列。 ② 限制酶图谱由于DNA 限制性内切酶都有特点的识别序列和切割位点，因此如果用酶所识别的特异序列作为标志在DNA 长链上作图，对制定物理图谱也是很有用的。不同DNA 片段用限制酶切割后可产生多种不同的图形，同一个克隆一定有相同的图形，相重叠的克隆可依据其相同部分进行重叠，是用作识别DNA 的可靠标志。采用部分酶切法，一个酶切产物各DNA 片段的长度即表示一个识别位点的位置，可直接得到酶切图谱。同一个YAC DNA 片段可以用几种限制酶分别酶解，可以测定出各DNA 标志所在的DNA 片段，从而测定出DNA 标志间的相对距离。此法的优点之一是YAC DNA 不必纯化，提取酵母总DNA 即可。 ③ 辐射杂种细胞图谱射线可以造成染色体断裂，当用射线照射杂种细胞（含某一单个人染色体的中国仓鼠细胞）时，染色体被断裂并随后进行了随机连接，有可能得到许多染色体新组合细胞，筛选出那些只含有单一人染色体片段的仓鼠细胞组，可以得到含有全套人类染色体片段的细胞组群，每个细胞株分别含有人染色体片段，用特定的STS 可以识别特定的人类染色体片段，从而制作染色体物理图谱。此方法的优点是：可得到高分辨率的物理图谱；既适用于多态性DNA 标志，也适用于非多态性标志；由于使用的是PCR 技术，因而方法简单快捷。 ④ DNA 序列图在制作染色体物理图的基础上，需进一步制作DNA 序列图，这是最精细的物理图。制作序列图必须进行大量DNA 测序工作。现在DNA 测序工作大多是在Sange ：双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert 化学修饰法的基础上发展起来的DNA 大规模测序技术，这种技术是将DNA 测序与计算机技术和荧光技术相结合，发明了自动测序仪。在测序过程中，一般是将较长的DNA 片段打断，构建一系列随机亚克降，然后通过自动测定每个亚克隆的序列，用计算机分析以发现重叠区域，最后完成对大片段的DNA 定序。现在由于采用了STS 作为位标，分析序列的起始位点，大大减少了对序列重叠部分的鉴定，提高了测定效率。 2 ．基因组遗传图谱 遗传图是遗传学上早就对染色体进行研究的一种方法，遗传图上位标的位置和相互之间的距离不是以碱基对等物理距离来表示，它没有确切的物理距离，而是以连锁或重组的方法来测定，以遗传单位来表示。在遗传图的制作中，旱先曾用多态性DNA 标志，即限制酶片段长度多态性，后来发展为微卫星DNA 标志。 3 ．基因组表达图谱 基因表达图或称转录图，所采用的染色体位标是基因的转录产物，即mRNA 。但实际上应用更多的是cDNA ，即以mRNA 为模板，用逆转录酶催化产生的互补DNA ，完全能够反映基因的信息。机体的每一细胞、每一组织，在不同的发育阶段，不同的生理条件和病理状态下，其表达的基因种类及每一基因的表达程度都是各不相同的。通过构建处于某一特