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估算物种进化的分歧时间 * * (三)中性学说 1. 中性基因 2. 自然选择学说在分子水平的矛盾 3. 中性学说 * * 1. 中性基因 分子水平研究发现生物基因组中存在中性基因变异：不同等位基因间碱基序列存在差异，但无表型选择作用。中性基因频率改变不是选择压引起，而主要是由遗传漂变引起。 中性基因可能有以下几种情况： 氨基酸序列改变、性状变异，但无选择意义(中性性状)； 氨基酸序列改变，但蛋白质功能不发生改变(中性突变)； 氨基酸序列不改变(同义突变)。 * * * 近代生物分类学的创始人——瑞典的林耐在1735年出版的划时代的著作《自然系统》中都明确断言：“造物主创造的物种的数目是不变的，新物种是不能产生的。” 直到1762年在《自然系统》的“最后”一版中才删去这一论断，承认杂交可能产生新种，并假定“也许一个属的所有种最初只是一个种”. 经院哲学是与宗教神学相结合的唯心主义哲学，属于欧洲中世纪特有的哲学形态，是天主教教会用来训练神职人员，在其所设经院中教授的理论，故名经院哲学。 * 但是作为一个严谨的科学家，达尔文一直在寻找更确切的证据和合适的机会。用达尔文自己的话来说：“我所完成的任何科学工作，都是通过长期的思索、忍耐和勤奋得来的。”达尔文知道他的学说对神学理论的物种神创和物种不变的巨大挑战，以及可能造成的后果，以致于他准备等自己死后再发表《物种起源》一书。这可能就是他所谓